Từ sau đợt cháy rừng (3/2002) đến nay, do quản lý chế độ mực nước khu vực hồ rừng của  VQG U Minh Thượng luôn duy trì ở mức cao trong thời gian dài để phòng chống cháy rừng đã làm thay đổi dần sinh cảnh, hệ sinh thái dưới tán rừng thay đổi làm ảnh hưởng không nhỏ tới sinh trưởng của cây tràm. Sự tái sinh và phát triển của cây tràm, đặc biệt là cây tràm non ở khu vực bị cháy phụ thuộc nhiều vào một số yếu tố môi trường như độ sâu và thời gian ngập nước, độ dày lớp than bùn… Trong đó, độ sâu và thời gian ngập nước được xác định là một trong các yếu tố đóng vai trò quan trọng nhất.

Do đó, nhiệm vụ quản lý mực nước là rất quan trọng trong việc phát triển hệ sinh thái rừng tràm ở VQG sau cháy rừng. Quản lý nước là thực hiện chuỗi hành động kiểm soát mực nước ở mức hợp lý nhằm tạo điều kiện thích hợp cho sự phát triển của rừng tràm, cá và các loài động vật dưới tán rừng. Quản lý nước không những giúp cho cây tràm và các loài cây khác trong hệ sinh thái sinh trưởng và phát triển bình thường mà phải đáp ứng được tiêu chí phòng cháy, chữa cháy rừng và duy trì phù hợp sinh cảnh.

Xuất phát từ yêu cầu thực tế trong quản lý chế độ mực nước của VQG U Minh Thượng tác giả đã hướng tới việc quản lý nước cho sinh trưởng của cây tràm (loài cây đặc trưng ở VQG U Minh Thượng) và tính toán chế độ mực nước hợp lý được duy trì trong từng giai đoạn cho các phân khu của VQG.

Qua quá trình tổng hợp kết quả các dữ liệu nghiên cứu, khảo sát, đo đạc hiện trường, phân tích thống kê thủy văn nhiều năm tại VQG U Minh Thượng và thiết kế hệ thống điều tiết mực nước theo mùa (mùa khô, mùa mưa) cho các tiểu vùng của VQG U Minh Thượng tác giả đã kết luận rằng thời gian bắt đầu tích trữ nguồn nước từ mưa trong VQG là khoảng từ ngày 11/9 cho năm ít mưa (tần tuất 75%), khoảng từ ngày 1/10 cho năm nước trung bình (tần tuất 50%) và khoảng từ ngày 21/10 cho năm nhiều nước (tuần tuất 25%). Mực nước cao nhất trong năm là thời điểm cuối mùa mưa, cần đạt được vào ngày 30/11 hàng năm. Mực nước thấp nhất trong năm là thời điểm cuối mùa khô, cần đạt được vào ngày 30/4 hàng năm.

Để điều tiết được mực nước trong vùng lòng hồ đáp ứng yêu cầu thì hệ thống thủy lợi cần được ưu tiên triển khai nạo vét kênh, củng cố các đập tràn trên các bờ bao và xây dựng trạm bơm để bơm hỗ trợ trong điều kiện thiếu hụt nguồn nước trong lòng hồ.