Nguyên liệu trồng nấm phổ biến ở Việt Nam là rơm rạ, bông phế thải, mùn cưa. Có 2 phương pháp để xử lý nguyên liệu:

* Ủ nguyên liệu (rơm rạ và bông): Với rơm rạ khô được làm ướt bằng nước vôi (tỉ lệ: 3,5 kg vôi đã tôi hòa với 1.000 lít nước), sau đó chất đống ủ (đống ủ phải có khối lượng  tối  thiểu  300  kg).  Dùng ny - lon, bao dứa quây xung quanh để tạo nhiệt. Cứ sau 3 ngày đảo đống một lần, số lần đảo là 3 lần (lần đảo cuối cùng chỉ cần sau 2 ngày ủ). Khi đảo đống ủ, kết hợp chỉnh độ ẩm. Sau 8 ngày ủ, kiểm tra độ ẩm đạt chuẩn 65% (bằng cách vắt chặt nước chỉ ướt vân tay là được), rơm rạ có mùi thơm dễ chịu, mềm, màu vàng sáng. Nếu quá ẩm hay quá khô, chỉnh lại bằng cách phơi hay bổ sung thêm nước, ủ lại sau 1 - 2 ngày.

Với nguyên liệu là bông phế thải: ngâm bông nhanh trong dung dịch nước vôi, vắt nhẹ, ủ thành đống, che kín như ủ rơm rạ; ủ sau 12 - 36 giờ tùy theo loại bông tốt hay xấu, tiến hành đảo đống, ủ lại sau 2 ngày là được. Với bông đã ủ, khi trồng nấm cần làm thật tơi nguyên liệu; với rơm rạ băm thành từng đoạn từ 10 - 15 cm để đóng túi, cấy giống.

* Khử trùng nguyên liệu (tất cả các loại): Rơm rạ chặt đoạn ngắn 10 - 15 cm ngâm trong nước vôi 15 - 20 phút, vớt ra để ráo nước 1 - 2 ngày; bông phế liệu làm ướt như trên; mùn cưa tạo ẩm, ủ lại 4 - 6 ngày.

Các loại nguyên liệu này sau khi kiểm tra đảm bảo đủ độ ẩm, phối trộn thêm với 5 - 10% cám gạo hoặc cám ngô. Đóng nguyên liệu vào túi ny - lon chịu nhiệt, trọng lượng túi 1,5 - 2,0 kg/túi (kích thước 30 x 45 cm), nút cổ túi bằng nút nhựa và bông không thấm nước sau đó đưa vào hấp khử trùng như sau:

+ Hấp khử trùng trong nồi áp suất ở áp suất 1 atm, 121 -125⁰C trong thời gian 120 - 180 phút.

+ Hấp cách thuỷ trong thùng phuy hoặc lò xây bằng gạch, kiểm tra thấy nhiệt độ ở giữa túi đạt 95⁰C thì tính giờ, tiến hành hấp tiếp trong thời gian 5 - 6 giờ là được. Hấp xong, lấy bịch ra để nguội trong phòng sạch.