Vi tảo (microalgae) là mắt xích đầu tiên và quan trọng trong chuỗi thức ăn của sinh vật bởi kích thước hiển vi của chúng. Thêm nữa, vi tảo có khả năng tích lũy lipid, carbohydrate, protein, các hợp chất có hoạt tính sinh học làm nguyên liệu cho các sản phẩm chiết xuất từ sinh khối của chúng.

Vi tảo đóng vai trò chính yếu trong sản xuất nguyên liệu sơ cấp cho hệ sinh thái thủy vực, tạo nguồn oxy sinh học cho vực nước, đồng thời còn hấp thụ một lượng lớn các ion kim loại nặng. Như vậy, vi tảo giúp thúc đẩy quá trình tự làm sạch và cải thiện chất lượng nước, đồng thời thể hiện được vai trò kép trong xử lý nước thải cũng như sản xuất nhiên liệu sinh học và thức ăn. Bên cạnh đó, sự hiện diện của một số vi tảo có hại cần được lưu ý trong việc quản lý chất lượng nước ao nuôi cá, đặc biệt vi tảo Microcystis có thể tiết ra độc tố gây hại cho động vật thủy sản.

Nguyên Văn Tuyên đã đóng góp tích cực cho công trình nghiên cứu về khu hệ tảo nước ngọt miền Bắc Việt Nam. Ông đã công bố 979 loài và dưới loài, gồm: 136 loài tảo mắt, 18 loài tảo lam, 288 loài tảo lục, 10 loài tảo giáp, 260 loài tảo Silic, trong đó có 766 loài mới ở Việt Nam. Sau đó tác giả Dương Đức Tiến nghiên cứu về khu hệ tảo của các thủỷ vực nội địa Việt Nam với 1.402 loài và dưới loài, bao gồm 530 loài tảo lục, 388 loài tảo silic, 344 loài tảo lam, 78 loài tảo mắt, 30 loài tảo giáp, 14 loài tảo vàng ánh, 9 loài tảo vòng, 5 loài tảo vàng, 4 loài tảo đỏ.

Bên cạnh các công trình nghiên cứu về thành phần loài, sự phân bố, còn có công trình nghiên cứu nuôi sinh khối tảo lục Chlorella làm thức ăn bổ sung trong chăn nuôi tại cơ sở nuôi cá Hoà Bình. Chlorella là một trong số ít vi tảo có thể sinh trưởng bình thường trong môi trường khắc nghiệt như nhiệt độ cao, hàm lượng CO₂ cao. Loài Chlorella sp. được sử dụng để loại bỏ các hợp chất nitơ và photpho trong nước thải đô thị. Cụ thể, loài Chlorella vulgaris được xem là một trong những giải pháp sinh học mang lại hiệu quả cao để loại bỏ kim loại nặng mangan (Mn) trong nước thải. Công trình nghiên cứu vi tảo làm sạch môi trường ở các tỉnh Thanh Hóa, Nghệ An, Hà Tĩnh của Nguyễn Đình San đã bổ sung 16 loài mới ở Việt Nam, bao gồm 6 loài tảo lam, 3 loài tảo lục, 7 loài tảo mắt.

Tảo vừa có lợi vừa có hại cho môi trường nước ao nuôi. Tảo có thể chỉ thị màu nước ao nuôi, cũng có thể tiết độc tố gây hại cho động vật thủỷ sản khi nở hoa. Chất độc khi tảo lam nở hoa tiết ra gọi là microcystins. Mycrocystins đã được phát hiện trong phần lớn các hồ ở Trung Quốc, nồng độ mycrocystins trung bình cao nhất đạt 26,7 g/1 ở hồ Chaohu. Mycrocystins chủ yếu được bài tiết bởi Microhystis, Oscillatoria. Ở Nigeria, tảo lam Oscillatoria và Trichodesmium với mật độ 998 x 103 tb/ có thể gây hại tới sức khỏe con người và môi trường.

Như vậy, thành phần loài tảo có liên quan trực tiếp và gián tiếp đến chất lượng nước ao. Do đó, nghiên cứu này khảo sát thành phần loài, các vi tảo chỉ thị ô nhiễm, vi tảo có ích, vi tảo gây hại góp phần xây dựng dữ liệu ban đầu cho các nghiên cứu ứng dụng tiếp theo trong quản lý chất lượng nước và chăm sóc cá tốt hơn tại các ao nuôi nước ngọt của Khoa Thủy sản.

Mẫu tảo được thu ở 5 ao nuôi cá trong khu thực nghiệm của Khoa để phân tích thành phần loài và tần suất bắt gặp của vi tảo nước ngọt. Tổng số mẫu định tính gồm 30 mẫu, trong đó có 15 mẫu thu vào mùa đông và 15 mẫu thu vào mùa hè. Kết quả phân tích mẫu cho thấy thành phần loài vi tảo trong khu thực nghiệm phong phú, đa dạng với 136 loài, thuộc 08 lớp, 11 bộ, 26 họ, 49 chi thuộc 6 ngành: tảo mắt, tảo lục, tảo lam (vi khuẩn lam), tảo silic, tảo giáp, tảo vàng. Số lượng loài tảo tìm thấy trong mùa hè cao hơn mùa đông. Trong thành phần vi tảo của khu hệ ao nuôi cá có sự xuất hiện của 27 loài tảo có giá trị làm thức ăn cho động vật phù du trong ao. Kết quả nghiên cứu ghi nhận sự xuất hiện của 12 loài vi tảo chỉ thị cho môi trường nước giàu chất hữu cơ là điểm đáng lưu ý cho việc quản lý chất lượng nước ao nuôi. Ngoài ra, còn có sự xuất hiện của 3 loài có khả năng tiết độc tố gây hại và gây hiện tượng tảo “nở hoa” trong ao.