Bộ Tài chính nhận được vướng mắc của một số Hiệp hội doanh nghiệp về việc hướng dẫn hoàn thuế GTGT đối với nguyên liệu, hàng hóa nhập khẩu để sản xuất, gia công hàng xuất khẩu và đề nghị hướng dẫn rõ điểm 3 Công văn số 16836/BTC-TCHQ ngày 13/12/2017 về xử lý thuế đối với các tờ khai xuất khẩu phát sinh từ ngày 1/7/2016 trở đi.

Về vấn đề này, Bộ Tài chính có ý kiến như sau:

Khoản 3, Điều 1 Luật số 106/2016/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế GTGT, Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật Quản lý thuế (có hiệu lực thi hành từ ngày 1/7/2016) có quy định về hoàn thuế GTGT như sau:

“2. Cơ sở kinh doanh trong tháng, quý có hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT theo tháng, quý, trừ trường hợp hàng hoá nhập khẩu để xuất khẩu, hàng hoá xuất khẩu không thực hiện việc xuất khẩu tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định của Luật Hải quan…”.

Khoản 6, Điều 1 Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 1/7/2016 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế GTGT, Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật Quản lý thuế có quy định về hoàn thuế GTGT như sau:

“3. Cơ sở kinh doanh trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng), quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) có hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT theo tháng, quý; trường hợp trong tháng, quý số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ chưa đủ 300 triệu đồng thì được khấu trừ vào tháng, quý tiếp theo; trường hợp vừa có hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu, vừa có hàng hoá, dịch vụ tiêu thụ nội địa nếu sau khi bù trừ với số thuế phải nộp, số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ của hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu còn lại từ 300 triệu đồng trở lên thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế.

Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng số thuế GTGT đầu vào sử dụng cho sản xuất kinh doanh hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu, trường hợp không hạch toán riêng được thì số thuế GTGT đầu vào xác định theo tỷ lệ giữa doanh thu của hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu trên tổng doanh thu hàng hoá, dịch vụ của các kỳ khai thuế GTGT tính từ kỳ khai thuế tiếp theo kỳ hoàn thuế liền trước đến kỳ đề nghị hoàn thuế hiện tại.

Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế đối với trường hợp hàng hoá nhập khẩu sau đó xuất khẩu, hàng hoá xuất khẩu không thực hiện việc xuất khẩu tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định của Luật Hải quan và các văn bản hướng dẫn”.

Căn cứ quy định nêu trên, trường hợp nguyên liệu, hàng hoá nhập khẩu để sản xuất, gia công hàng xuất khẩu không phải là trường hợp hàng hoá nhập khẩu sau đó xuất khẩu theo quy định tại Luật số 106/2016/QH13 và Nghị định số 100/2016/NĐ-CP vì nguyên liệu, hàng hoá nhập khẩu này khi xuất khẩu không còn giữ nguyên trạng như ban đầu.

Thẩm quyền giải quyết hoàn thuế GTGT

Khoản 20, Điều 5 Luật Thuế GTGT quy định: “Nguyên liệu nhập khẩu để sản xuất, gia công hàng hoá xuất khẩu theo hợp đồng sản xuất, gia công xuất khẩu ký kết với bên nước ngoài” thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.

Khoản 64, Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC ngày 20/4/2018 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung một số điều tại Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính (có hiệu lực từ ngày 5/6/2018) có sửa đổi Điều 131 Thông tư số 38/2015/TT-BTC như sau:

“Điều 131. Thủ tục xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa

1. Tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu được xác định là nộp thừa theo quy định tại Điều 47 Luật Quản lý thuế ngày 29/11/2006 được sửa đổi, bổ sung tại Khoản 13 Điều 1 Luật Sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế ngày 20/11/2012; Điểm a, Khoản 1, Điều 29 Nghị định số 83/2013/NĐ-CP…

“3. Trách nhiệm của cơ quan hải quan

Cơ quan hải quan nơi phát sinh khoản tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa thực hiện kiểm tra thông qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử, nếu xác định kê khai của người nộp thuế là chính xác thì phản hồi thông tin về việc hồ sơ kê khai đã được chấp nhận cho người nộp thuế.

Trường hợp xác định kê khai của người nộp thuế chưa chính xác, cơ quan hải quan phản hồi thông tin từ chối tiếp nhận hồ sơ thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.

Trường hợp hồ sơ giấy cơ quan hải quan tiếp nhận, kiểm tra, đối chiếu nội dung đề nghị của người nộp thuế với các quy định của pháp luật về quản lý thuế, nếu xác định không đủ điều kiện hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa, cơ quan hải quan thông báo theo mẫu số 12/TBKTT/TXNK Phụ lục VI ban hành kèm theo Thông tư trong thời hạn 8 giờ làm việc.

Trong thời hạn 05 (năm) ngày làm việc kể từ ngày nhận được công văn hợp lệ của người nộp thuế đề nghị hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa, cơ quan hải quan ban hành quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo mẫu số 09/QĐHT/TXNK Phụ lục VI và thông báo cho người nộp thuế. Trường hợp không đủ điều kiện hoàn thuế thực hiện thông báo theo mẫu số 12/TBKTT/TXNK Phụ lục VI ban hành kèm theo Thông tư này.

4. Việc xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa được hoàn thực hiện theo quy định tại Điều 132 Thông tư này. Số tiền thuế GTGT nộp thừa được xử lý đồng thời với thuế nhập khẩu (nếu có)”.

Căn cứ quy định nêu trên, trường hợp hàng hoá là nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu để sản xuất, gia công hàng hoá xuất khẩu theo hợp đồng sản xuất, gia công xuất khẩu ký kết với bên nước ngoài (thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT theo quy định tại Khoản 20, Điều 5 Luật Thuế GTGT) đã nộp thuế GTGT tại khâu nhập khẩu thì số thuế GTGT đã nộp được xác định là số thuế nộp thừa và cơ quan hải quan thực hiện hoàn thuế theo hướng dẫn tại Khoản 64, Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC.

Trường hợp hàng hoá là nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu để sản xuất, gia công hàng hoá xuất khẩu không theo hợp đồng gia công ký kết với bên nước ngoài (không thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT theo quy định tại Khoản 20, Điều 5 Luật Thuế GTGT), khi nhập khẩu doanh nghiệp phải kê khai nộp thuế GTGT theo quy định, khi xuất khẩu thuộc đối tượng áp dụng thuế suất thuế GTGT 0% và cơ quan thuế thực hiện hoàn thuế GTGT đối với hàng hoá xuất khẩu theo quy định.

Cơ quan hải quan, cơ quan thuế kiểm tra hồ sơ thực tế của doanh nghiệp để thực hiện hoàn thuế theo quy định.