Sông Vàm Cỏ đóng một vai trò quan trọng trong việc phát triển kinh tế của tỉnh Long An và một phần tỉnh Tây Ninh. Sông Vàm Cỏ đóng vai trò chuyển lũ từ Đồng Tháp Mười sang; ngoài ra còn là nơi tiếp nhận nước thải từ các nhà máy, khu công nghiệp, đô thị trong địa bàn Long An, Tây Ninh và TP.HCM.

Kết quả nghiên cứu cho thấy, chỉ số NSF-WQI dạng tích với 9 thông số: pH, DO, độ mặn, TSS, COD, BOD₅, NO^₃-, PO₄^3-, tổng coliform là khá phù hợp với thực tế. Chỉ số NSF-WQI cho kết quả khá nhạy cảm và phản ánh khá chính xác sự thay đổi chất lượng nước. Nhìn chung, chất lượng nước khá tốt – loại B ở thượng nguồn (W1, W3) và giảm đi - loại D ở hạ nguồn (W4, W5) do ảnh hưởng bởi mật độ dân cư và nhà máy ở khu vực này khá cao. Vị trí W2 (nhà máy đường Hiệp Hòa) chất lượng nước xuống thấp tại thời điểm nhà máy xả thải. Theo thời gian, hầu hết kết quả tính toán cho thấy thời điểm đỉnh triều chất lượng nước đều tốt hơn so với chân triều. Mùa khô và đầu mùa mưa chất lượng nước chủ yếu đạt loại D (xấu, ô nhiễm nhẹ) đến loại C (trung bình).