Hiện nay, ở Việt Nam và nhiều quốc gia trên thế giới, để đánh giá chất lượng nguồn nước người ta thường dựa vào việc phân tích các thông số chất lượng nước riêng biệt sau đó so sánh từng thông số đó với giá trị giới hạn được quy định trong các quy chuẩn, tiêu chuẩn quốc gia hay tiêu chuẩn quốc tế. Tuy nhiên với cách làm này gặp không ít hạn chế như: khó khăn cho việc giám sát diễn biến chất lượng nước; khó thông tin về chất lượng nước cho cộng đồng và các cơ quan quản l‎y nhà nước, các nhà lãnh đạo đề ra các quyết định phù hợp về bảo vệ và khai thác nguồn nước. Chính vì thế, một hệ thống lượng hóa được chất lượng nước, có khả năng mô tả tổng hợp các tác động của nồng độ nhiều thành phần hóa – ly – sinh trong nguồn nước. Một trong những chỉ số đó là chỉ số chất lượng nguồn nước (Water Quality Index - WQI).

Qua tính toán, phân tích và đánh giá chất lượng nước mặt của hệ thống sông rạch tỉnh Vĩnh Long trong các đợt khảo sát cho thấy hệ thống kênh rạch tỉnh Vĩnh Long có những đặc trưng sau:

-       Giá trị WQI đều nằm trong cấp độ trung bình-tốt.

-       Chất lượng nước hệ thống kênh rạch nội đồng tỉnh còn tốt, đạt chất lượng nước cấp cho nông nghiệp và nuôi tròng thủy sản.

-       Ô nhiễm ở các kênh rạch nội đồng tỉnh Vĩnh Long chủ yếu là ô nhiễm hữu cơ và ô nhiễm do vi sinh. Càng vào sâu khu vực nội đồng, mức độ ô nhiễm càng cao.

-       Ở khu vực sông Cổ Chiên, sông Hậu và đầu các vàm sông là những nơi có lưu tốc và lưu lượng lớn, khả năng trao đổi nước mạnh nên có mức độ ô nhiễm bẩn thấp hơn các vùng trũng nội đồng và các khu giáp nước là những nơi trao đổi kém.