Hệ sinh thái đất ngập nước có vi trò đặc biệt quan trọng trong việc bảo vệ đa dạng sinh học, duy trì sự cân bằng sinh thái chuyển tiếp giữa đất liền và đại dương. Vườn quốc gia Mũi Cà Mau là hệ động thực vật rừng ngập mặn đa dạng, vườn quốc gia Tràm Chim là một khu đất ngập nước được xếp trong hệ thống rừng đặc dụng của Việt Nam.

Qua phân tích một số yếu tố khí tượng thủy hải văn trong chuỗi số liệu từ năm 1978 – 2010 cho thấy diễn biến khí hậu có sự thay đổi bất thường tại hai điểm có vườn quốc gia. Tình hình nắng nóng kéo dài liên tục từ 2 đến 4 tháng, nhiều đợt mưa lớn trái mùa có tính chất dị thường xảy ra vào tháng 12 và tháng 1, gây khó khăn cho ngành sản xuất nông nghiệp; mực nước sông tăng đáng kể từng năm; diễn biến lũ lụt và xam nhập mặn gia tăng đáng kể làm suy giảm hệ sinh thái trong nghiệp nước ngọt tại hai vùng trên.

Theo đánh giá của tác giả, trong tương lai, tổng lượng mưa hè thu sẽ giảm, hạn đầu vụ sẽ gay gắt hơn, lượng mưa giảm dưới từ 5% đến trên 35% và phân bố bất lợi cho sản xuất. Vùng ven biển mưa giảm, khả năng xâm nhập mặn gia tăng. Vùng có nhiệt độ trên 37^oC mở rộng. Số ngày nóng trên 40^oC vào màu hè nhiều hơn. Diện tích ngập lũ sẽ mở rộng vào năm 2030, nhưng số ngày ngập lũ ở vùng đầu nguồn sẽ giảm và tăng ở khu vực hạ lưu. Tác động này sẽ gây ảnh hưởng tới hai vườn quốc gia ở Đồng Tháp và Cà Mau.