Kết quả khảo sát tại ba khu bảo tồn điển hình vùng ĐBSCL đã xác định được tổng cộng 124 loài cá, chiếm gần 50% tổng số loài cá nước ngọt trong vùng. Trong đó, Vườn quốc gia Tràm Chim (tỉnh Đồng Tháp) có thành loài đa dạng nhất với 123 loài, kế tiếp là Khu bảo vệ cảnh quan Trà Sư (tỉnh An Giang) với 63 loài và 14 loài ở Vườn quốc gia U Minh Hạ (tỉnh Cà Mau). So sánh với các nghiên cứu trước đây cho thấy thành phần loài cá ngày càng có sự đa dạng phong phú. Việc thành lập các khu bảo tồn có ý nghĩa rất lớn trong việc bảo vệ và bảo tồn thành phần loài cá, là nơi lưu giữ một số loài cá quý hiếm và một số loài đang có nguy cơ bị đe dọa. Hơn nữa mức độ phong phú, kích thước cá khai thác, sản lượng khai thác trên một đơn vị cường lực khai thác ở bên trong các khu bảo tồn đều cao hơn so với bên ngoài. Điều này cũng khẳng định việc thành lập các khu bảo tồn có hiệu quả rất lớn trong việc bảo tồn thành phần loài động vật thủy sản ở vùng ĐBSCL. Vì nguồn lợi thủy sản ở các khu bảo tồn này rất đa dạng và phong phú, việc bảo vệ và quản lý một cách hiệu quả nguồn tài nguyên này trước áp lực khái thác bất hợp pháp từ cộng đồng cư dân sống xung quanh là một thách thức rất lớn đối với ban quản lý các khu bảo tồn và cần có các giải pháp hợp lý khắc phục kịp thời.