Trước những khó khăn đó, một số hình thức  sản xuất mới trong nuôi cá tra đã hình thành ở ĐBSCL trong vài năm gần đây như nông dân liên kết theo hình thức hợp tác xã hoặc chi hội, được gọi là “liên kết ngang” và nông dân liên kết với các doanh nghiệp chế biến thủy sản và/hoặc sản xuất thức ăn cá tra, còn gọi là “liên kết dọc”. Tuy nhiên, hiệu quả sản xuất của các hình thức liên kết và không liên kết này chưa được đánh đánh giá một cách cụ thể.  Vì vậy, nhóm nghiên cứu Phạm Thị Kim Oanh và Trương Hoàng Minh, Khoa Thủy sản Trường Đại học Cần Thơ đã thực hiện nghiên cứu mô tả các hình thức liên kết trong nuôi cá tra và đánh giá hiệu quả sản xuất của các hình thức liên kết sản xuất này nhằm cung cấp thông tin  hữu ích cho việc quản lý và tổ chức sản xuất, cũng như định hướng phát triển nghề nuôi cá tra ở ĐBSCL ổn định hơn trong tương lai.

Tổng số 100 hộ nuôi cá tra riêng lẻ, 85 hộ xã viên HTX và hội viên chi hội (liên kết ngang), 85 hộ liên kết với doanh nghiệp thủy sản (liên kết dọc) ở ĐBSCL đã được phỏng vấn ngẫu nhiên từ 10/2010 đến 4/2011.

Kết quả nghiên cứu cho thấy, hình thức nuôi cá tra riêng lẻ đã phát triển từ năm 1990 đến năm 2003 với 100% số hộ điều tra. Hình thức liên kết ngang và liên kết dọc hình thành và phát triển từ năm 2004 với 3,4% và 4,1% số hộ tham gia. Một số yếu tố về kỹ thuật và kinh tế giống nhau ở cả 3 hình thức sản xuất cá tra ở ĐBSCL gồm: diện tích ao (0,46 ha/ao);  độ sâu mức ao (4,0m); thời gian nuôi (tháng 7); tỷ lệ sống (75,7%), hệ số tiêu tốn thức ăn (1,6), kích cỡ cá thu hoạch (0,94 kg/con); chi phí thức ăn và cá giống chiếm tỷ lệ cao nhất trong cơ cấu chi phí; giá thành sản xuất (15,758 đồng/kg); tỷ suất lợi nhuận (3,7%). Tuy nhiên, cũng có những điểm khác nhau giữa  ba hình thức sản xuất này là năng suất thấp nhất ở hình thức liên kết ngang (321 tấn/ha/vụ) và cao nhất là liên kết dọc ( 345 tấn/ha/vụ). Ở hình thức sản xuất riêng lẻ, nông hộ phải chi tất cả các chi phí sản xuất. Ở hình thức liên kết ngang và liên kết dọc, tỷ lệ này lần lượt là 67,4% và 52,6%. Giá cá bán của hình thức sản xuất liên kết dọc cao hơn so với hình thức sản xuất liên kết riêng lẻ và liên kết ngang. Tỷ lệ số hộ bị thua lỗ cao nhất ở hình thức riêng lẻ (30%) và thấp nhất ở hình thức liên kết dọc (16%). Có mối tương quan giữa năng suất, lượng thức ăn, giá thành sản xuất, giá bán với lợi nhuận. Hình thức liên kết dọc có nhiều ưu điểm như: thức ăn cho cá được cung cấp bởi các công ty liên kết, giảm mức đầu tư của nông hộ và đầu ra sản phẩm được bao tiêu.  Nhìn chung, đây là hình thức  liên kết sản xuất có rủi ro thấp và giúp nông dân nuôi cá tra ở ĐBSCL ổn định sản xuất.