Nhờ vào những ưu thế do thiên nhiên mang lại, khu vực tứ giác Long Xuyên đã sớm  thể hiện tiềm năng to lớn trong lĩnh vực khai thác thủy sản nước ngọt tự nhiên với những giống loài thủy sản phong phú, trong đó cũng không ít những đối tượng với giá trị cao, được nhiều người ưa chuộng với trữ lượng hết sức dồi dào.

Vấn đề đặt ra ở đây chính là làm sao khai thác và phát huy triệt để hơn những tiềm lực kinh tế lớn của khu vực và từ đó định hướng phát triển thủy sản bền vững gắn kết với cơ cấu nền kinh tế thị trường cũng được chú trọng và đẩy mạnh việc áp dụng các chính sách phát triển kinh tế - xã hội ở khu vực.

Vấn đề phát triển thủy sản ở khu vực Tứ giác Long Xuyên hiện nay và trong thời gian tới bao gồm việc ứng dụng khoa học - công nghệ vào qui trình kỹ thuật, chọn lựa loài thủy sản tiềm năng để phát triển và chọn lựa hình thức nuôi phù hợp theo những cơ cấu phù hợp để phát triển những đối tượng thủy sản tiềm năng.

Theo đó, các giải pháp phát triển thủy sản ở khu vực Tứ giác Long xuyên gồm:

-  Các giải pháp hiện tại à trong thời gian tới như: ứng dụng nhanh tiến bộ KHKT vào qui trình sản xuất giống và nuôi thương phẩm thông qua việc thực hiện các đề tài, dự án nghiên cứu, ứng dụng để nâng cao hiệu quả ương, nuôi các đối tượng thủy sản có giá trị kinh tế; đẩy mạnh phát triển các đối tượng thủy sản nuôi như tôm càng xanh, cá lóc, cá rô đồng, cá trê, lươn đồng, cá điêu hồng, cá lăng nha, cá sặc rằng, ếch,…; chọn lựa giống mới, giống cải thiện di truyền, năng suất cao, có sức chịu đựng với điều kiện biến đổi khí hậu; phát triển mô hình nuôi có tính ứng dụng cao, dễ dàng áp dụng và phù hợp với các đối tượng nuôi như mô hình nuôi trong bể bạt, bể xi măng lót bạt, mô hình sản xuất giống các đối tượng có thể nuôi vỗ và thu trứng trong bể bạt, bể xi măng lót bạt; đối với đối tượng cá lóc và cá sặc rằn thương phẩm, kết hợp giữa việc nâng cao chất lượng sản phẩm, thông qua việc từng bước đưa các qui phạm thực hành tốt và phương pháp sản xuất của người nuôi theo hướng an toàn thực phẩm.

-  Giới thiệu một số mô hình sản xuất mới hiệu quả có thể phát triển ở khu vực Tứ giác Long Xuyên như: nuôi tôm càng xanh thâm canh trong ao, nuôi cá lóc thương phẩm trong bể lót bạt, nuôi lươn thương phẩm trong bể lót bạt, mô hình sản xuất giống lươn đồng bằng phương pháp sinh sản bán nhân tạo,…