Hiện nay do nhu cầu của thị trường và thị hiếu của người tiêu dùng đã thay đổi, đặc biệt nhu cầu về gạo chất lượng ngày càng gia tăng. Do đó, việc thu thập và đánh giá các nguồn gien phục vụ công tác chọn tạo giống lúa chất lượng đang là vấn đề được rất nhiều nước trên thế giới quan tâm.

Với vật liệu nghiên cứu gồm 50 giống lúa chất lượng được thu thập ở nhiều địa phương khác nhau, sử dụng 31 chỉ thị SSR để nghiên cứu đa dạng di truyền tập đoàn lúa chất lượng bản địa của Việt Nam và đã thu được tổng số 1.519 băng AND, thuộc 120 loại alen khác nhau (với hệ số trung bình 3,87 alen trên mỗi locus). Hệ số PIC dao động từ 0 đến 0,74 (trung bình 0,52). Tỉ lệ dị hợp tử của các giống lúa chất lượng khác nhau, dao động từ 0% đến 14,29% (trung bình 2,32%). Hệ số tương đồng di truyền giữa các giống lúa dao động trong khoảng từ 0,11 đến 0,87. Dựa vào sơ đồ mối quan hệ di truyền 50 giống lúa nghiên cứu được chia thành 6 nhóm lớn: Nhóm I gồm 23 giống lúa có hệ số tương đồng di truyền dao động từ 0,45 đến 0,87; nhóm II gồm có 10 giống lúa có hệ số tương đồng di truyền dao động từ 0,45 đến 0,74; nhóm III gồm 2 giống lúa có hệ số tương đồng di truyền 0,49; nhóm IV gồm duy nhất một giống lúa; nhóm V gồm 2 giống lúa có hệ số tương đồng di truyền là 0,41. Nhóm VI gồm 12 giống lúa có hệ số tương đồng di truyền dao động từ 0,43 đến 0,81. Các giống lúa Tám (ở miền Bắc), các giống lúa nương (ở miền núi) và các giống lúa tẻ chất lượng (ở miền Nam) đều nằm ở các nhóm riêng.

Kết quả này làm cơ sở phân loại, xác định marker, nhận dạng chính xác một số nguồn gien phục vụ công tác bảo tồn và chọn, tạo giống lúa chất lượng của Việt Nam.