Một trong những khó khăn lớn đối với nuôi cá rô phi là không thể quản lý đàn cá nuôi do cá tự sinh sản trong ao. Cá thể có thể sinh sản ở 5-6 tháng tuổi dẫn đến không thể khống chế số lượng cá trong ao và làm giảm khả năng sinh trưởng của cá nuôi. Để giải quyết vấn đề trên cần phải tiến hành tạo cá rô phi đơn tính. Có một số công nghệ sản xuất cá rô phi đơn tính như lựa chọn phân biệt bằng mắt thường khi cá đã lớn, phương pháp khác tốn ít nhân công hơn là sử dụng hoóc môn chuyển giới tính cá ở giai đoạn còn nhỏ và phương pháp thứ ba được tiến hành dựa trên việc lai khác loài. Nghiên cứu đã thành công trong việc lựa chọn đặc điểm hình thài của cá bố mẹ lai xa cho tỷ lệ giới tính đực ở thế hệ con >95% (Phạm Anh Tuấn và đồng tác giả, 2008), tuy nhiên tỷ lệ lựa chọn và phân ly đặc điểm hình thái ở thế hệ con chưa được nghiên cứu. Trên thế giới cũng đã có nhiều nghiên cứu về chỉ thị phân tử liên kết với giới tính và chỉ thị phân tử liên kết với màu sắc cá rô phi đơn tính đực bằng phương pháp lai xa.

Lee và đồng tác giả (2004) đã nghiên cứu các chỉ thị phân tử liên kết với giới tính ở cá rô phi xanh đực và cái, kết quả cho thấy nhiều chỉ thị liên kết chặt với giới tính thuộc nhóm liên kết LG1 và LG3. Các nghiên cứu gần đây cho thấy gien Sox2 và Sox14 nằm trên cùng một nhiễm sắc thể và thuộc nhóm liên kết LG3. Đây là những gien chủ yếu quy định giới tính ở cá rô phi. Tuy nhiên, Cnaani và đồng tác giả (2007) đã giải trình tự các gien Sox2 và Sox14 trên 4 loại cá rô phi khác nhau và xác định được chúng thuộc nhóm liên kết LG17, LG23 và chúng nằm trên các nhiễm sắc thể khác nhau. Nghiên cứu tiếp của tác giả cho thấy gien Sox14 chỉ liên kết với tình trạng sinh trưởng, stress (ứng suất), tỷ lệ sống của phôi và có rất ít ảnh hưởng đến việc quy định giới tính của cá rô phi. Cnaani và Kocher (2008) xác định cơ chế di truyền điều khiển giới tính của các loài cá rô phi thuộc giống Oreochromis là rất khác nhau. Các chỉ thị CLCN5, GM139, GM271 và GM354 thuộc nhóm liên kết LG3 đã được sử dụng để nghiên cứu giới tính của loài cá có kiểu di truyền WZ/ZZ, kết quả quan sát được sự lặp lại của 2 chỉ thị trên nhiễm sắc thể giới tính. Kết quả nghiên cứu đề xuất khả năng về quá trình biến đổi rất nhanh của những gien qui định giới tính đối với những loài có quan hệ gần gũi. Angienda và đồng tác giả (2010) nghiên cứu cơ chế di truyền và nhiệt độ quy định giới tính của cá rô phi O. niloticus sử dụng ba chỉ thị microsatellite (vi vệ tinh) Abur36, Abur100 và UNH846. Trong đó, Abur36 cho phép xác định 95% giới tính cá rô phi và đề xuất khả năng đây sẽ là chỉ thị trên gien liên kết với giới tính. Chỉ thị này có thể được sử dụng trợ giúp chọn lọc kiểu gien của cá bố mẹ sản xuất cá đơn tính đực phục vụ sản xuất.

Vì vậy, nghiên cứu đã triển khai ứng dụng ba công thức lai xa giữa các dòng cá rô phi, mỗi công thức gồm 25 gia đình ♀ 0. niloticus Israel Í ♂0. aureus Israel, ♀ 0. niloticus Đài LoanÍ ♂0. aureus Israel, ♀ 0. niloticus Đài LoanÍ ♂0. aureus Trung Quốc cho tỷ lệ giới tính đực dao động tương ứng là 72-100%, 74-100% và 43-100%.

Sáu chỉ thị microsatellite được chọn lọc để phận tích trên nhóm cá bố mẹ cho tỷ lệ giới tính đực ở thế hệ con  ≥ 95% và < 95%, kết quả cho thấy các chỉ thị UNH104, UNH995 và GM354 có các alen đặc hiệu liên quan đến giới tính (P<0,001). Các alen đặc hiệu có thể dùng để lựa chọn cá bố mẹ lai xa phục vụ sản xuất cá đơn tính đực > 95%. Không có sự khác biệt các alen đặc hiệu riêng của cá bố với cá mẹ. Tuy nhiên, các chỉ thị và alen liên kết với giới tính cấn phải được kiểm tra sự di truyền và liên kết ở thế hệ sau.