Mặt trái của cơ chế này có thể tạo điều kiện cho gian lận thương mại nếu chế tài chưa đủ mạnh và người áp dụng cơ chế chưa đủ kiến thức cũng như thông tin cần thiết liên quan đến xuất xứ hàng hóa.

Theo bà Bùi Kim Thùy, Phó trưởng Phòng Xuất xứ hàng hóa, Cục Xuất nhập khẩu, Bộ Công Thương, nếu ở cơ chế hiện tại đối tượng cấp C/O là hàng hóa thì ở cơ chế tự chứng nhận xuất xứ đối tượng cấp C/O là DN. Do vậy, một trong những tiêu chí hàng đầu để trở thành nhà XK được tự chứng nhận xuất xứ là DN phải nắm rất vững kiến thức về C/O.

So sánh giữa cơ chế cấp C/O hiện tại với cơ chế tự chứng nhận xuất xứ, bà Thùy cho biết đối với cơ chế cấp C/O hiện tại, DN sẽ xin C/O cho từng chuyến hàng. Đối tượng cấp C/O là hàng hóa và sẽ cần có một thời gian nhất định để tổ chức cấp C/O thực hiện cấp C/O, gian lận qua C/O không nhiều và chế tài xử phạt chưa mang tính răn đe.

Đối cơ chế tự chứng nhận xuất xứ, DN xin giấy phép trong một thời gian nhất định sẽ được tự chứng nhận xuất xứ. Đối tượng được cấp tự chứng nhận xuất xứ là các nhà xuất khẩu và nhập khẩu hàng hóa. DN có thể chủ động về thời gian phát hành C/O. DN đủ điều kiện tự xác định xuất xứ cho chính hàng hóa của mình sẽ tự phát hành C/O cho hàng hóa của mình. Đối với cơ chế tự chứng nhận xuất xứ khả năng gian lận C/O cao do vậy chế tài xử phạt sẽ rất nghiêm khắc.

Theo nhận định của các chuyên gia của dự án EU-MUTRAP, xuất xứ là kĩ năng rất quan trọng của các DN thương mại. Nếu hiểu và làm chủ được vấn đề xuất xứ, các nhà sản xuất Việt Nam có thể tận dụng được các Hiệp định thương mại tự do hiện có và sắp ra đời. Do vậy, nếucác DN không nỗ lực giải quyết các vấn đề về xuất xứ thì sẽ không tiếp cận được các chính sách ưu đãi và không thể mở rộng được hoạt động xuất khẩu .

Ông Marius Bordalba, Cố vấn thương mại cao cấp của dự án EU-MUTRAP cho rằng, cơ chế tự chứng nhận xuất xứ sẽ là xu hướng tất yếu của thế giới do vậy các DN cần hành động kịp thời để theo kịp xu hướng. Tuy nhiên, đây là sẽ thách thức đối với nhiều DN vì  không phải DN nào cũng có đủ nguồn lực để áp dụng cơ chế tự chứng nhận xuất xứ. Vì thế, các cơ quan quản lí nhà nước phải có cơ chế hỗ trợ nhằm giảm bớt áp lực cho DN, đặc biệt là các DN vừa và nhỏ.

Với vai trò của Bộ Công Thương, bà Bùi Kim Thùy cho biết, nhằm hỗ trợ DN có thể áp dụng cơ chế tự chứng nhận xuất xứ, Bộ Công Thương sẽ tổ chức các khóa đào tạo huấn luyện cho các DN đồng thời sẽ chạy song song cả hai cơ chế cấp C/O nếu DN không thể tự cấp C/O vẫn có thể yêu cầu các cơ quan có thẩm quyền cấp C/O cho mình.