Với vốn điều lệ 1000 tỷ đồng được cấp từ Ngân sách Nhà nước về hoạt động KHCN, Quỹ đổi mới công nghệ quốc gia là tổ chức tài chính Nhà nước, hoạt động không vì mục đích lợi nhuận, có chức năng cho vay ưu đãi, hỗ trợ lãi suất vay, bảo lãnh để vay vốn, hỗ trợ vốn cho các tổ chức, cá nhân và doanh nghiệp thực hiện nghiên cứu, chuyển giao, đổi mới và hoàn thiện công nghệ. Quỹ được sử dụng đến 50% vốn ngân sách Nhà nước cấp để thực hiện các hình thức hỗ trợ lãi suất vay, cho vay ưu đãi, bảo lãnh để vay vốn.

Bộ máy quản lý và điều hành của Quỹ gồm Hội đồng quản lý Quỹ, Cơ quan điều hành Quỹ và Ban kiểm soát Quỹ. Bộ máy nhân sự của Quỹ do Bộ trưởng Bộ KH&CN bổ nhiệm, làm việc theo chế độ chuyên trách.

Trước đó, thủ tướng Chính phủ cũng đã có Quyết định 1343/QĐ-TTg sửa đổi, bổ sung Quyết định số 1101/QĐ-TTg ngày 23/7/2009 về các tổ chức sự nghiệp thuộc Bộ KH&CN- theo đó, thay vì chỉ có 10 tổ chức sự nghiệp, Bộ KH&CN này sẽ có thêm 1 tổ chức sự nghiệp thuộc Bộ là Quỹ đổi mới công nghệ quốc gia.