Qua đó, Doanh nghiệp được chứng nhận là doanh nghiệp KH&CN khi hoàn thành việc ươm tạo và làm chủ công nghệ từ kết quả KH&CN được sở hữu, sử dụng hợp pháp hoặc sở hữu hợp pháp công nghệ để trực tiếp sản xuất thuộc các lĩnh vực: công nghệ thông tin - truyền thông; công nghệ sinh học; công nghệ tự động hoá; công nghệ vật liệu mới; công nghệ bảo vệ môi trường; công nghệ năng lượng mới; công nghệ vũ trụ và một số công nghệ khác do Bộ Khoa học và Công nghệ quy định.

Thông tư liên tịch quy định rõ, thời gian xem xét, cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp KH&CN tối đa là 30 ngày làm việc, kể từ ngày nhận được đầy đủ hồ sơ của doanh nghiệp. Trường hợp không cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp KH&CN, trong thời hạn 05 ngày làm việc, Sở Khoa học và Công nghệ các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương phải trả lời doanh nghiệp bằng văn bản và nêu rõ lý do.

Về mức ưu đãi thuế: Doanh nghiệp KH&CN được áp dụng mức thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp là 10% trong thời gian 15 năm kể từ năm đầu tiên doanh nghiệp KH&CN có doanh thu từ hoạt động KH&CN; Doanh nghiệp KH&CN được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong thời gian 4 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 9 năm tiếp theo kể từ năm đầu tiên doanh nghiệp KH&CN có thu nhập chịu thuế.

Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/11/2012.