Thông tư số 06/2014/TT-BKHCN  bao gồm 21 điều, áp dụng đối với các tổ chức, cá nhân, doanh nghiệp tham gia thực hiện đề tài, dự án khoa học và công nghệ và các hoạt động (sau đây gọi tắt là nhiệm vụ) tại Việt Nam và quản lý Quỹ.

Thông tư này quy định nhiệm vụ được Quỹ tài trợ, cho vay ưu đãi, hỗ trợ lãi suất vay, bảo lãnh để vay vốn, nguyên tắc chung và các tiêu chí xét chọn các nhiệm vụ:

- Dự án tạo ra sản phẩm mới, dịch vụ mới;

- Dự án nghiên cứu phát triển công nghệ mới, công nghệ tiên tiến, công nghệ cao;

- Dự án ươm tạo công nghệ;

- Dự án sản xuất thử nghiệm sản phẩm mới;

- Dự án đào tạo cán bộ khoa học và công nghệ phục vụ chuyển giao, ứng dụng công nghệ;

- Dự án chuyển giao, hoàn thiện, sáng tạo công nghệ để sản xuất sản phẩm chủ lực, sản phẩm trọng điểm, sản phẩm quốc gia;

- Dự án chuyển giao công nghệ được khuyến khích chuyển giao;

- Dự án ươm tạo doanh nghiệp khoa học và công nghệ;

- Dự án phát triển, mở rộng hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp khoa học và công nghệ;

- Dự án chuyển giao công nghệ phục vụ phát triển nông nghiệp, nông thôn;

- Đề tài nghiên cứu lập dự án nghiên cứu tiền khả thi, dự án khả thi cho tổ chức, doanh nghiệp, cá nhân phát triển công nghệ mới, công nghệ tiên tiến;

- Đề tài nghiên cứu về tìm kiếm, giải mã công nghệ, khai thác sáng chế, cải tiến kỹ thuật cho phát triển công nghệ mới, công nghệ tiên tiến;

- Nhiệm vụ nhân rộng, phổ biến, giới thiệu và chuyển giao công nghệ phục vụ phát triển ở khu vực nông thôn, miền núi;

- Nhiệm vụ đào tạo, bồi dưỡng kiến thức, thuê chuyên gia tư vấn trong nước, chuyên gia tư vấn nước ngoài cho phát triển công nghệ mới, công nghệ tiên tiến, đổi mới công nghệ của doanh nghiệp.

Đồng thời, Thông tư nêu trên cũng quy định rõ trách nhiệm của Hội đồng quản lý Quỹ, cơ quan điều hành Quỹ, Ban kiểm soát Quỹ đổi mới công nghệ quốc gia; trách nhiệm của tổ chức, doanh nghiệp, cá nhân đề xuất và thực hiện nhiệm vụ được Quỹ đổi mới công nghệ quốc gia tài trợ, hỗ trợ vay vốn ưu đãi, lãi suất vay vốn, bảo lãnh vốn vay. Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 09/6/2014.

Quỹ đổi mới công nghệ quốc gia được thành lập tại Quyết định số 1342/QĐ-TTg ngày 05/08/2011; Điều lệ về tổ chức và hoạt động của Quỹ được ban hành tại Quyết định số 1051/QĐ-TTg ngày 03/07/2013 của Thủ tướng Chính phủ.Vốn điều lệ của Quỹ là 1.000 tỷ đồng do ngân sách nhà nước về hoạt động khoa học, công nghệ cấp và được cấp vốn bổ sung hàng năm từ ngân sách nhà nước để đạt tổng mức vốn điều lệ của Quỹ. Quỹ được sử dụng đến 50% vốn ngân sách nhà nước cấp để thực hiện các hình thức hỗ trợ lãi suất vay, cho vay ưu đãi, bảo lãnh để vay vốn, hỗ trợ vốn cho các tổ chức, cá nhân và doanh nghiệp thực hiện nghiên cứu, chuyển giao, đổi mới và hoàn thiện công nghệ.