Đặc tính của lúa rẫy (lúa vùng cao) thường được trồng trên các sườn dốc, độ dốc đất thay đổi từ 0 đến hơn 30%, chiếm khoảng 11% sản lư ợng lúa toàn cầu (Tuhina-Khatun et al., 2015), trong đó khoảng 13 triệu ha trồng ở châu  Á  (Acuña et al., 2008), cung cấp lương thực cho người dân sống ở vùng đất khô cằn (Suwarno et al., 2009).

Theo quan sát, đặc điểm chính của lúa rẫy là cây cao, lá phát triển mạnh, cạnh tranh cao với cỏ dại, rễ dài đâm sâu vào đất để sử dụng nguồn nước ngầm (Greenland, 1985). Ngoài ra, đặc điểm nổi bật nhất ở lúa rẫy là tính phản ứng với ánh sáng ngày ngắn, giống lúa rẫy chỉ phân hóa đòng khi thời gian chiếu sáng trong ngày thấp hơn 12 giờ30 phút (Kawamura et  al.,  2020). Gạo lúa  rẫy thường thơm, cây chín muộn, được trồng hữu cơ, ít được quản lý và chăm sóc dẫn đến năng suất lúa thấp (Atlin et al., 2006). Do đó, tìm nguồn gen lúa rẫy chất lượng bổ sung vào cơ cấu giống lúa chất lượng ở cho vùng đồng bằng sông Cửu Long (ĐBSCL) là rất hữu ích.

Các chương trình nghiên cứu đã liên tục cải thiện triển vọng của các hệ thống canh tác lúa rẫy, nhằm tìm ra hướng đi tốt nhất để duy trì và phát triển nghề trồng lúa truyền thống. Các nghiên cứu đặc điểm hình thái và nông học góp phần cải tạo giống lúa rẫy cũng như cung cấp thông tin cơ bản cho chương trình chọn tạo gi ống (Nascimento et al., 2011), các nghiên cứu về khả năng chống chịu stress phi sinh học (Bernier et al., 2008; Lum et al., 2014) cải thiện năng suất, giảm chiều cao cây ở lúa rẫy (Breseghello et al., 2011) cũng như các nghiên cứu để phát triển về đặc tính chức năng của gạo.

Tuy nhiên, biến đổi khí hậu ngày càng gia tăng gây ra nhiều vấn đề nghiêm trọng làm hạn chế năng suất của các giống lúa cải tiến, đòi hỏi các nhà chọn tạo giống lúa phải thiết lập các chiến lược chọn giống phù hợp với tình hình sản xuất lúa gạo (Gong & Wang, 2015). Ở Việt Nam, lúa rẫy là cây trồng có thể thích nghi với điều kiện sống thiếu nước nhưng hiện nay nguồn tài nguyên này đang dần bị thu hẹp do năng suất thấp. Nông dân có xu hướng chọn những giống lúa cải tiến ngắn ngày để bố trí mùa vụ nhằm giảm chi phí sản xuất và có năng suất cao. Vì vậy, diện tích lúa rẫy ngày càng bị thu hẹp và ít được quan tâm. Nghiên cứu và bảo tồn nguồn gen của giống lúa  rẫy trong giai đoạn hiện nay là rất cần thiết.

Tìm hiểu đặc điểm nông học và hình thái của các giống lúa không chỉ giúp các nhà nghiên cứu nhận biết và phân biệt các giống khác nhau có ý nghĩa quan trọng trong việc bố trí cơ cấu cây trồng, mùa vụ gieo cấy và các biện pháp kỹ thuật khác, cung cấp các thông tin về kiểu hình có giá trị cho các nhà nghiên cứu và chọn tạo giống. Nghiên cứu này được thực hiện nhằm đánh giá đặc tính nông học, kiểu hình và một số tính trạng chất lượng, cùng với đó là đánh giá kiểu gen chịu hạn với mục đích có thể chọn ra một số giống phù hợp với nhu cầu chọn giống hiện nay.

Nghiên cứu đặc điểm hình thái nông học và kiểu gen của 29 giống lúa rẫy canh tác ở điều kiện đồng bằng sông Cửu Long được thực hiện. Qua các chỉ tiêu đánh giá về hình thái và chất lượng với các chỉ tiêu như hàm lượng amylose, độ bền thể gel, nhiệt trở hồ và mùi thơm, kết hợp với đánh giá kiểu gen bằng dấu chỉ thị phân tử SSR. Kết quả đã khảo sát được các đặc điểm hình thái và chất lượng của 29 giống lúa. Nghiên cứu đã chọn ra được 3 giống lúa Pum Pán Đăm, Tẻ Thơm, Lúa Bắc 1 và 2 giống nếp Khẩu Hút Lài (Nếp) và Nếp Nin Lương có đặc điểm hình thái, năng suất cao, chất lượng tốt thuộc nhóm mềm cơm (hàm lượng amylose dưới 20%, độ bền thể gel trên 60 mm, nhiệt trở hồ thuộc cấp 5,6) và có mùi thơm nhẹ phù hợp với nhu cầu chọn giống hiện nay. Cùng với đó cả 5 giống đều mang kiểu gen chống chịu với điều kiện khô hạn. Kết quả này giúp cung cấp nguồn vật liệu di truyền cho các nghiên cứu tiếp theo.