Sán lá ruột nhỏ Haplorchis taichui và H. pumilio thuộc họ Heterophyidae (Trematoda: Platyhelminthes), được nghiên cứu còn rất hạn chế, đặc biệt là chỉ thị phân tử hệ gen ty thể và đơn vị mã hóa ribosome. Nghiên cứu này nhằm mục tiêu cung cấp dữ liệu cho cá hướng nghiên cứu khác nhau sử dụng chuỗi gen/ chỉ thị phân tử có từ hệ gen ty thể các loài trong họ Heterophyidae.

Nghiên cứu thu nhận toàn bộ hệ gen ty thể (mtDNA) của loài H. taichui và toàn bộ phần mã hóa của đơn vị mã hóa ribosome (rTU hay rDNA) loài H. taichui và H. pumilio của Việt Nam. Dữ liệu nucleotide và amino acid được so sánh giữa H. taichui và Metagonimus yokogawai về các đặc điểm thành phần kiến tạo gen/hệ gen, đặc điểm sử dụng bộ mã hoặc nucleotide (độ lệch skew) và các cấu trúc lặp liền kề (TRU). Hệ gen ty thể của chủng Htai-QT3-VN có độ dài 15.120 bp và M. yokogawai (15.258 bp, Hàn Quốc, KC330755) chứa 36 gen, gồm 12 gen mã hóa protein (cox1, cox2, cox3, nad1, nad2, nad3, nad4L, nad4, nad5, nad6, atp6 và cob), 2 gen RNA ribosome (rRNA), 22 gen RNA vận chuyển (tRNA hay trn) và một vùng không mã hóa (NCR) giữa trnE và trnG, chia thành 2 tiểu vùng chứa 5 cấu trúc lặp (182-183 bp/cấutrúc). H. taichui (Việt Nam và Lào) sử dụng A = 19,56%, T = 39,71%, G = 28,34%, C = 12,39% (A+T là 59,27% và G+C là 40,73%) cho kiến tạo mtDNA, có giá trị độ lệch (skew/skewness) ở A+T là âm (–0,340) và G+C là dương (0,392); cho 12 gen mã hóa protein (PCG) tương tự; nhưng cho gen ribosome ty thể (MRG, gồm 16S/rrnLvà 12S/rrnS) với A+T ít hơn (57,22%) và với G+C nhiều hơn (42,78%). M. yokogawai có tỷ lệ sử dụng A+T thấp hơn (mtDNA/55,68%, PCGs/55,96%, MRGs/54,15%) và G+C cao hơn so với loài H. taichui. H. taichui của Việt Nam và Lào có 10.164 bp mã hóa cho 3.376 amino acid để kiến tạo 12 PCG với những bộ mã sử dụng nhiều nhất là Phenylalanine (Phe-TTT) và Leucine (Leu-TTG), những bộ mã ít nhất là Glutamine (Gln-CAA), Arginine (Arg-CGC), có thêm Thr-ACA/ACC ở M. yokogawai. Phần mã hóa đơn vị mã hóa ribosome (từ 5’ 18S đến 3’ 28S) của H. taichui (7.268 bp) và H. pumilio (7.416 bp) được xác định có 5 vùng gen gồm 18S rDNA, ITS1, 5.8S rDNA, ITS2 và 28S rDNA. Các gen 18S và 5.8S của cả 2 loài có độ dài như nhau (1.992 bp/18S, 160 bp/5.8S), gen 28S khác nhau (3.875 bp/H. taichui và 3.870 bp/H. pumilio). ITS1 ở H. taichui (797 bp) và ITS2 ở H. pumilio (280 bp) không chứa cấu trúc lặp, trong khi đó ITS1 ở H. pumilio (1.106 bp) chứa 5 cấu trúc lặp liền kề TRU gồm 136 bp cho 3 TRU và 116 bp cho 2 TRU và ITS2 ở H. taichui (444 bp) chứa 3 TRU (83–85 bp/cấu trúc).

 (nthang)