Tỷ lệ trích từ tổng ngân sách dành cho các nhiệm vụ khoa học, công nghệ ở nước ta thuộc diện cao trên thế giới. Song, nếu chuyển sang con số thực tế thì vốn đầu tư cho công tác này khó có thể đáp ứng nhu cầu của quá trình phát minh, sáng tạo và đưa vào ứng dụng trong cuộc sống. Vì vậy, tại Tờ trình dự án Luật Khoa học, Công nghệ (sửa đổi), Chính phủ đã xác định việc sửa đổi các quy định hiện hành nhằm thực hiện được ba nhiệm vụ then chốt mang tính đột phá trong hoạt động này gồm: tiếp tục đổi mới cơ bản, toàn diện và đồng bộ tổ chức, cơ chế quản lý và cơ chế hoạt động khoa học, công nghệ; tăng cường đầu tư của toàn xã hội cho khoa học, công nghệ, trước hết là đầu tư vào hạ tầng khoa học và công nghệ; xây dựng chính sách sử dụng, trọng dụng cán bộ khoa học và công nghệ. Nhưng, trong ba nhiệm vụ này thì nhiệm vụ nào cần được thực hiện trước hết? Nhiệm vụ nào thực hiện thành công sẽ tạo động lực để thực hiện thành công những nhiệm vụ khác? Có quan điểm cho rằng, thực tế thực hiện các nhiệm vụ khoa học, công nghệ đang đòi hỏi phải thay đổi công tác quản lý, tổ chức. Hiện nay, kinh phí được cấp chủ yếu cho chi thường xuyên, theo phương thức bình quân chủ nghĩa đã khiến các đơn vị khoa học không có đủ nguồn lực để làm một công trình ra tấm, ra món, chưa nói đến tạo ra sản phẩm trọng điểm quốc gia. Còn nhà khoa học mong mỏi nhất là có một cơ chế tài chính thông thoáng để họ không phải chờ quá lâu mới nhận được kinh phí, mất nhiều thời gian để quyết toán, thậm chí là phải nói dối để hợp thức hóa chứng từ.

Thực tế quản lý, tổ chức và sử dụng kinh phí cho khoa học, công nghệ đúng là đang tồn tại những hạn chế nêu trên. Nhưng có lẽ nếu chỉ sửa đổi chính sách, luật pháp để đổi mới các nhiệm vụ khoa học, công nghệ sử dụng ngân sách Nhà nước là chưa đủ. Trước hết là kinh phí từ ngân sách Nhà nước sẽ khó có thể đáp ứng cho nhu cầu phát triển khoa học, công nghệ phục vụ sự nghiệp công nghiệp hóa, hiện đại hóa đất nước. Trong khi đó, để đưa nước ta thoát khỏi bẫy thu nhập trung bình, vươn lên trở thành nước công nghiệp, thì chỉ có một con đường duy nhất là phát triển khoa học và giáo dục. Vì vậy, tại Kỳ họp thứ Tư, nhiều ĐBQH cho rằng, Luật Khoa học, Công nghệ (sửa đổi) không chỉ nên đưa ra định hướng để sử dụng hiệu quả nguồn kinh phí từ ngân sách Nhà nước, mà còn phải thực sự trở thành động lực giống như khoán 10 trong nông nghiệp. Thậm chí, Luật Khoa học, Công nghệ (sửa đổi) có thể trở thành một Luật Doanh nghiệp thứ hai. Hay nói cách khác là sau khi luật được ban hành thì sẽ xuất hiện ngày càng nhiều doanh nghiệp, tổ chức khoa học, công nghệ ngoài Nhà nước. Thực tế quá trình phát triển kinh tế trong thời gian qua cũng đã khẳng định, doanh nghiệp tư nhân có hiệu quả sử dụng vốn cao hơn, tạo ra nhiều công ăn việc làm nhiều hơn.

Về nguyên tắc, các quy định pháp luật được ban hành là để định hướng cho hành động của mỗi cá nhân, tổ chức, doanh nghiệp. Vì vậy, đòi hỏi Luật Khoa học, Công nghệ (sửa đổi) phải trở thành động lực để thu hút xã hội đầu tư cho khoa học, công nghệ của ĐBQH là hoàn toàn hợp lý. Tuy nhiên, Nhà nước chỉ có thể sử dụng công cụ thuế và phí để định hướng phát triển cho các ngành nghề, lĩnh vực. Nhà nước cần hạn chế và tốt nhất không nên sử dụng quyết định hành chính để điều chỉnh hành vi của các cá nhân, đơn vị. Do đó, điều quan trọng là các cơ quan chức năng cần có những hành động thiết thực để tạo động lực cho thu hút xã hội đầu tư vào khoa học, công nghệ như: đơn giản thủ tục hành chính; đẩy mạnh công tác bảo vệ sở hữu trí tuệ; công khai, minh bạch trong ban hành chính sách...