Mục tiêu của chương trình nhằm thúc đẩy phát triển và ứng dụng hiệu quả CNC trong lĩnh vực nông nghiệp, góp phần xây dựng nền nông nghiệp phát triển toàn diện theo hướng hiện đại, sản xuất hàng hóa lớn, có năng suất, chất lượng, hiệu quả và sức cạnh tranh cao, đạt mức tăng trưởng hàng năm trên 3,5%; bảo đảm vững chắc an ninh lương thực, thực phẩm quốc gia cả trước mắt và lâu dài. Theo chương trình, đến năm 2015, hình thành và phát triển ít nhất 80 DN nông nghiệp ứng dụng CNC; đưa tỷ trọng giá trị sản xuất nông nghiệp ứng dụng CNC chiếm khoảng 15% tổng giá trị sản xuất nông nghiệp của cả nước. Trong giai đoạn 2016-2020 phát triển thêm 200 DN; tỷ trọng giá trị sản xuất chiếm khoảng 35% tổng giá trị sản xuất nông nghiệp của cả nước... Bộ NN&PTNT là cơ quan chủ trì, phối hợp với Bộ Khoa học và Công nghệ và các bộ, ngành, địa phương có liên quan tổ chức triển khai thực hiện chương trình.