Kết quả ấn tượng nhất qua nghiệm thu các đề tài trong lĩnh vực nghiên cứu cơ bản của khoa học tự nhiên tại Quỹ Phát triển Khoa học và Công nghệ Quốc gia là số lượng công bố quốc tế: trong số 165 đề tài nghiệm thu trong lĩnh vực nghiên cứu cơ bản của khoa học tự nhiên sau 2 năm nghiên cứu, tổng số công bố ISI là 692, đạt tỉ lệ trên 4 công bố/đề tài. Để thấy ý nghĩa của con số này, tại cuộc họp tổng kết công tác năm 2012 của Nafosted, Thứ trưởng Bộ KH&CN Lê Đình Tiến đã đưa ra một con số so sánh: chương trình nghiên cứu cơ bản trong khoa học tự nhiên của Bộ Khoa học và Công nghệ trong cả giai đoạn 2006-2010, với số lượng đề tài được phê duyệt lên tới khoảng 1000 đề tài, nhưng số lượng công bố quốc tế chỉ khoảng gần 200.

Theo ông, dù đội ngũ các nhà nghiên cứu không thay đổi nhiều, nhưng nguyên nhân chính khiến các đề tài được Nafosted cấp kinh phí đạt được số lượng công bố quốc tế cao vượt bậc so với chương trình của Bộ chỉ sau 2 năm – cả về số lượng thuần túy lẫn tỷ lệ lượng công bố quốc tế/đề tài – là tiêu chí bắt buộc có sản phẩm công bố quốc tế mà Nafosted đặt ra để xét duyệt/nghiệm thu các đề tài nghiên cứu cơ bản.

Giới khoa học cho rằng chính với tiêu chí cụ thể về công bố quốc tế trong yêu cầu xét duyệt/nghiệm thu đề tài cùng các tiêu chí khác về tư cách chủ nhiệm đề tài và thành viên hội đồng, đã giúp hoạt động của Nafosted tiếp cận được với chuẩn mực quốc tế, qua đó về cơ bản đã loại trừ được vấn nạn “cây đa, cây đề”, “cai đầu dài” trong việc thực hiện đề tài và trong hoạt động thẩm định tại các hội đồng ngành, vốn tồn tại nhiều năm trước đây với rất nhiều tiêu cực. Điều này đồng thời khuyến khích được sự tham gia của các nhà khoa học trẻ có năng lực, giúp hoạt động nghiên cứu có tính công bằng hơn và đạt hiệu quả thực chất cao hơn.

Kết quả về số lượng công bố quốc tế mà Nafosted đạt được qua các đề tài cũng chính là cơ sở quan trọng giúp Quỹ giành được sự tin cậy từ các tổ chức quốc tế về tính minh bạch trong tổ chức hoạt động cũng như chất lượng các hội đồng ngành của Quỹ. Do vậy gần đây, Nafosted đã được tham gia thực hiện Dự án “Đối mới sáng tạo hướng tới người nghèo” (VIIP) triển khai tại Việt Nam do Ngân hàng Thế giới cấp vốn. Ngoài ra, Quỹ cũng thiết lập được quan hệ với các đối tác như Quỹ Khoa học Đức (DFG), Quỹ Giáo dục Việt Nam của Mỹ (VEF), Viện Nghiên cứu phát triển và Trung tâm Nghiên cứu Khoa học Quốc gia Pháp (IRD và CNRS), Hiệp hội Phát triển Khoa học Nhật Bản (JSPS), v.v.

Nhưng thách thức tiếp theo cho Nafosted là làm sao đưa chất lượng nghiên cứu trong lĩnh vực khoa học xã hội và nhân văn (KHXH&NV) tiếp cận chuẩn mực quốc tế mà lĩnh vực khoa học cơ bản trong khoa học tự nhiên đã làm được. Hiện nay, các công trình nghiên cứu KHXH&NV do Nafosted tài trợ vẫn chưa đặt ra yêu cầu bắt buộc phải có công bố quốc tế, chủ yếu do có ý kiến cho rằng nhiều đề tài KHXH&NV nhằm phục vụ nhiệm vụ chính trị - kinh tế - xã hội mà Nhà nước đặt ra, và vì nhiều lý do, không phải đề tài nào thuộc diện này cũng có thể có công bố quốc tế được. Tuy nhiên, ngược lại có ý kiến cho rằng việc không đòi hỏi bắt buộc về công bố quốc tế khiến chất lượng các đề tài KHXH&NV cũng như năng lực các nhà nghiên cứu ngày càng tụt hậu so với thế giới và khu vực. 

Vì vậy, Nafosted cần tìm ra giải pháp nâng cao tính công khai minh bạch trong hoạt động xét duyệt, nghiệm thu đề tài nghiên cứu, tạo sân chơi công bằng và hiệu quả trong lĩnh vực KHXH&NV. Chẳng hạn như Quỹ có thể dành một khoản kinh phí đáng kể nhất định cho nhóm các đề tài có ràng buộc về điều kiện công bố quốc tế. Phần kinh phí Nhà nước dành cho các đề tài phục vụ nhiệm vụ chính trị - kinh tế - xã hội có thể thông qua một quỹ khác (và những nhiệm vụ đòi hỏi kinh phí lớn thì tốt nhất nên do Nhà nước đặt hàng), hoặc nếu được Nafosted tài trợ thì nên được xét duyệt và thẩm định bởi những hội đồng có sự tham gia tối đa (nếu không được tất cả) thành phần các nhà khoa học từng có công bố quốc tế.