Bà Nguyễn Thị Mai Phương - Vụ Phó Vụ Pháp chế, Bộ KH&CN - Trưởng Ban Kiểm soát
Ông Nguyễn Hữu Quân - Trưởng Phòng Thanh tra 2, Bộ KH&CN - Ủy viên

Bà Đào Thị Minh Nguyệt - Chuyên viên Vụ Kế hoạch Tài chính, Bộ KH&CN - Ủy viên

Ban Kiểm soát hoạt động độc lập theo chương trình đã được Hội đồng quản lý Quỹ thông qua, có nhiệm vụ kiểm tra và báo cáo Hội đồng quản lý Quỹ về tình hình thực hiện Điều lệ của Quỹ, các quyết định của Hội đồng quản lý Quỹ; đồng thời xem xét, trình cấp có thẩm quyền giải quyết khiếu nại của các cá nhân, tổ chức liên quan đến hoạt động của Quỹ.
Ban Kiểm soát hoạt động kiêm nhiệm theo nhiệm kỳ 5 năm.