Theo Nghị định, Bộ Khoa học và Công nghệ là cơ quan của Chính phủ, thực hiện chức năng quản lý nhà nước về khoa học và công nghệ, bao gồm: hoạt động khoa học và công nghệ; phát triển tiềm lực khoa học và công nghệ; sở hữu trí tuệ; tiêu chuẩn đo lường chất lượng; năng lượng nguyên tử, an toàn bức xạ và hạt nhân; quản lý nhà nước các dịch vụ công trong lĩnh vực thuộc Bộ quản lý theo quy định của pháp luật.

Bộ Khoa học và Công nghệ có nhiệm vụ trình Chính phủ dự án luật, dự thảo nghị quyết của QH; dự án pháp lệnh, dự thảo nghị quyết của UBTVQH; dự thảo nghị quyết, nghị định của Chính phủ theo chương trình, kế hoạch xây dựng pháp luật hàng năm của Bộ đã được phê duyệt và các dự án, đề án theo sự phân công của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ; chiến lược, quy hoạch, kế hoạch phát triển dài hạn, 5 năm, hàng năm và các dự án, công trình quan trọng quốc gia của ngành thuộc lĩnh vực do Bộ Khoa học và Công nghệ quản lý.

Bên cạnh đó, Bộ Khoa học và Công nghệ phê duyệt phương hướng, mục tiêu, nhiệm vụ khoa học và công nghệ chủ yếu 5 năm và kế hoạch khoa học và công nghệ hàng năm, các chương trình nghiên cứu phát triển thuộc phạm vi quản lý nhà nước của Bộ phù hợp với chiến lược phát triển khoa học và công nghệ và theo phân cấp, ủy quyền của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ. Có nhiệm vụ chỉ đạo thực hiện phương hướng, mục tiêu, nhiệm vụ nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ 5 năm và hàng năm, chuyển giao công nghệ, thúc đẩy việc phát triển các ngành, lĩnh vực kinh tế - kỹ thuật trọng điểm trên cơ sở đổi mới, làm chủ công nghệ, tập trung phát triển công nghệ mới, công nghệ cao…

Nghị định cũng quy định rõ, Bộ Khoa học và Công nghệ có 28 đơn vị trong đó có 22 đơn vị giúp Bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước và 6 đơn vị sự nghiệp phục vụ chức năng quản lý nhà nước của Bộ.