Cụ thể, 18 đơn vị sự nghiệp công lập thuộc thẩm quyền quyết định của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ và Bộ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ gồm: 1- Quỹ phát triển khoa học và công nghệ quốc gia; 2- Quỹ đổi mới công nghệ quốc gia; 3- Viện Nghiên cứu sáng chế và Khai thác công nghệ; 4- Viện Năng lượng nguyên tử Việt Nam; 5- Viện Ứng dụng công nghệ; 6- Viện Đánh giá khoa học và Định giá công nghệ; 7- Viện Khoa học sở hữu trí tuệ; 8- Viện Nghiên cứu và Phát triển vùng; 9- Trung tâm Nghiên cứu và Phát triển truyền thông khoa học và công nghệ; 10- Trung tâm Nghiên cứu và Phát triển hội nhập khoa học và công nghệ quốc tế; 11- Trung tâm Nghiên cứu và Phát triển quốc gia về công nghệ mở; 12- Văn phòng Công nhận chất lượng; 13- Văn phòng Đăng ký hoạt động khoa học và công nghệ; 14- Văn phòng các Chương trình khoa học và công nghệ quốc gia; 15- Văn phòng Chứng nhận hoạt động công nghệ cao; 16- Tạp chí Tia sáng; 17- Báo điện tử Tin nhanh Việt Nam (VnExpress); 18- Nhà xuất bản Khoa học và Kỹ thuật.

Theo Nghị định 20/2013/NĐ-CP quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Khoa học và Công nghệ, về cơ cấu tổ chức, Bộ Khoa học và Công nghệ có 28 đơn vị trong đó có 22 đơn vị giúp Bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước và 6 đơn vị sự nghiệp phục vụ chức năng quản lý nhà nước của Bộ.