Phương pháp xây dựng kịch bản BĐKH cho các lưu vực sông sử dụng kết quả của phần mềm MAGICC/SCENGEN kết hợp với chi tiết hóa thống kê. Các kịch bản phát thải khí nhà kính được chọn để tính toán xây dựng kịch bản BĐKH cho các lưu vực sông của Việt Nam là kịch bản phát thải thấp (kịch bản B1), kịch bản phát thải trung bình của nhóm các kịch bản phát thải trung bình (kịch bản B2) và kịch bản phát thải trung bình của nhóm các kịch bản phát thải cao (kịch bản A2). Theo các kịch bản, đến cuối thế kỷ 21, nhiệt độ trung bình năm có thể tăng từ 1,1-3,6 độ C so với trung bình thời kỳ 1980-1999, trong đó nhiệt độ mùa đông có thể tăng nhanh hơn so với nhiệt độ mùa hè thể hiện rõ nét ở các lưu vực sông phía Bắc, nhiệt độ ở các lưu vực sông phía Bắc có thể tăng nhanh hơn so với các lưu vực sông phía Nam. Nhìn chung, lượng mưa diễn biến theo không gian và thời gian, lượng mưa mùa mưa nhiều và tổng lượng mưa năm có thể tăng ở tất cả các lưu vực sông và lượng mưa mùa ít mưa có thể giảm ở hầu hết các lưu vực của nước ta, đặc biệt là các lưu vực phía Nam. Lượng mưa năm có thể tăng từ 1,1-8,7% vào cuối thế kỷ 21 theo các kịch bản phát thải từ thấp đến cao, so với thời kỳ chuẩn 1980-1999.