Cải thiện hiệu quả hoạt động và tái cơ cấu các tổ chức nghiên cứu công lập là mục tiêu được các nhà quản lý KH&CN theo đuổi từ nhiều năm nay, nhất là trong bối cảnh có quá nhiều các viện nghiên cứu khiến nguồn ngân sách Nhà nước (NSNN) đầu tư cho khoa học bị dàn trải đáng kể, điển hình với sự ra đời của Nghị định 115/20015/NĐ-CP nhằm thúc đẩy cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm của các tổ chức KH&CN công lập, giảm sự lệ thuộc vào nguồn kinh phí tài trợ từ NSNN, hay đến nay là chính sách hiện đang được Bộ KH&CN xây dựng hướng đến quản lý việc cấp kinh phí từ NSNN cho các tổ chức nghiên cứu theo sản phẩm đầu ra (đặt hàng đề tài và nhiệm vụ khoa học) thay  vì theo số lượng đầu biên chế.

Tuy nhiên, khi chúng ta chưa đặt ra những tiêu chí rõ ràng để phân loại các tổ chức nghiên cứu, và xác định ranh giới phân biệt giữa tổ chức nghiên cứu yếu kém với các tổ chức nghiên cứu có chất lượng và hiệu quả, thì sẽ không thể đặt ra mục tiêu cụ thể, rạch ròi cho những chính sách nêu trên, vì vậy rất khó để triển khai thực hiện chúng một cách thực chất và triệt để.

Chẳng hạn qua thực tế triển khai thực hiện Nghị định 115, nhiều viện nghiên cứu đến nay vẫn cố tình kéo dài sự lệ thuộc vào bầu sữa của Nhà nước, nhưng đến nay vẫn chưa ai rà soát, đánh giá sản phẩm mà các viện này làm ra, để xác định đâu là những viện làm ra sản phẩm nghiên cứu cơ bản có chất lượng xứng đáng được Nhà nước tiếp tục tài trợ, đâu là những viện bắt buộc phải tự chủ dựa trên các sản phẩm có giá trị thương mại, và đâu là viện yếu kém cần được giải thể hoặc sáp nhập vào tổ chức khác.

Tương tự như vậy, với chính sách quản lý việc cấp kinh phí từ NSNN cho các tổ chức nghiên cứu căn cứ theo sản phẩm đầu ra (cơ chế giao khoán đề tài, nhiệm vụ) mà hiện nay Bộ KH&CN đang xây dựng, nếu chúng ta không xây dựng các tiêu chí phân định đâu là những tổ chức hoạt động có chất lượng và hiệu quả xứng đáng được ưu tiên đăng ký nhận nhiệm vụ của Nhà nước, thì sẽ tồn tại tình trạng đề tài, nhiệm vụ rơi vào tay những đơn vị làm việc yếu kém, gây lãng phí ngân sách và các nguồn lực của Nhà nước.

Muốn chỉ ra đâu là những tổ chức nghiên cứu có chất lượng và hiệu quả, chúng ta cần định nghĩa và phân loại rõ ràng chất lượng các sản phẩm KH&CN và nguồn nhân lực KH&CN (chất lượng nguồn nhân lực không thuần túy dựa trên bằng cấp mà chủ yếu phải dựa trên chất lượng sản phẩm); xác định các tiêu chí phản ánh tính hiệu quả của tổ chức, trong đó có tiêu chí dựa trên mối tương quan giữa các yếu tố đầu vào (nguồn nhân lực, tài lực, cơ sở vật chất, v.v) và sản phẩm đầu ra (kết quả nghiên cứu).

Sau khi làm rõ các tiêu chí trên đây, các chuyên gia có thể áp dụng triển khai đánh giá, đưa ra căn cứ xác thực làm cơ sở cho những chính sách, chế tài thưởng phạt thích hợp của Nhà nước. Nếu thực hiện được tốt chính sách này, chúng ta sẽ giải quyết được một loạt các vấn đề khác, như tạo động lực cho các cá nhân, tổ chức KH&CN làm ra sản phẩm nghiên cứu có chất lượng, đồng thời tăng cường sự tự chủ cho các tổ chức KH&CN có hiệu quả - những viện nghiên cứu chứng minh mình hoạt động tốt sẽ được sử dụng nguồn lực được cấp một cách tự chủ, linh hoạt, có thể chủ động tạo ra những cơ chế đãi ngộ tốt hơn và có tính ổn định hơn cho các nhà nghiên cứu.  

Việc xây dựng được những bộ tiêu chí phù hợp, có sự điều chỉnh linh hoạt phù hợp với đặc thù của từng ngành, từng lĩnh vực nghiên cứu là rất quan trọng trong xây dựng Thông tư về đánh giá các tổ chức KH&CN công lập. Vì vậy rất cần sự tham gia ý kiến rộng rãi của giới khoa học và các nhà quản lý giàu kinh nghiệm.