Tại hội thảo do Bộ KH&CN tổ chức, TS. Đặng Kim Sơn, Viện trưởng Viện CL&CSNNPTNT cho rằng những tồn tại trên đây khiến cán bộ khoa học không có động lực để “hăng say nghiên cứu”, sản phẩm nghiên cứu không gắn với địa chỉ sử dụng. Ông đề nghị các Bộ, ngành sớm phối hợp để thực hiện việc thí điểm cơ chế khoán theo sản phẩm, cải thiện chế độ đãi ngộ nhà khoa học, đưa đại diện của doanh nghiệp, nông dân vào các hội đồng giao đề tài và nghiệm thu sản phẩm, và sớm có những quy định giúp đơn giản hóa việc thành lập, tổ chức, hoạt động các doanh nghiệp khoa học công nghệ.

TS. Nguyễn Quốc Vọng, chuyên gia về quản lý hệ thống chất lượng và an toàn nông sản cho rằng cần chất lượng các nghiên cứu khoa học về nông nghiệp ở Việt Nam, trong đó cần có sự nghiêm túc kiểm tra chất lượng các nghiên cứu và các chế tài xử lý những nghiên cứu không nghiêm chỉnh. Ông cũng đề nghị cần có chế độ đãi ngộ phù hợp để giữ chân các nhà khoa học tại các viện nghiên cứu, đồng thời có khung bậc lương độc lập giữa nhà quản lý và cán bộ nghiên cứu tại các viện này, qua đó tạo động lực cho nhà khoa học toàn tâm gắn bó lâu dài với công tác nghiên cứu.

Phản hồi ý kiến cho rằng cơ chế tài chính hiện nay gây hạn chế cho việc tự chủ trong nghiên cứu khoa học, ông Lại Văn Dương, Phó Vụ trưởng Vụ Hành chính sự nghiệp, Bộ Tài chính, cho rằng các nhà khoa học chưa tận dụng hết cơ chế hiện nay, ví dụ như Quyết định 846 của Thủ tướng Chính phủ ngày 02/06/2011 đã quy định về việc thực hiện thí điểm đặt hàng một số sản phẩm khoa học công nghệ của Bộ NN&PTNT.

Theo bà Nguyễn Thị Xuân Thu, Thứ trưởng Bộ NN&PTNT, công tác dự thảo thông tư hướng dẫn Quyết định 846 của Thủ tướng đang được Bộ NN&PTNT tích cực triển khai. Tuy nhiên, để thành công trong việc thí điểm đặt hàng sản phẩm khoa học công nghệ, bà cho rằng cần có những định mức cụ thể rõ ràng trước khi khoán sản phẩm. Bên cạnh đó, cần có tiêu chí cụ thể trong việc chọn đơn vị để áp dụng mô hình thí điểm. Bộ NN&PTNT sẽ lựa chọn các đơn vị nghiên cứu “căn cứ theo lộ trình ưu tiên của Bộ”, cụ thể là các đơn vị nghiên cứu về giống và công nghệ sinh học.

Tổng kết Hội thảo, Bộ trưởng Bộ KHCN Nguyễn Quân khẳng định Bộ KHCN sẽ kiên trì theo đuổi những cải cách trong quản lý khoa học công nghệ mà Bộ đã đề xuất. Ông cũng nhấn mạnh rằng các nhà khoa học trước hết cần tự mình mạnh dạn đổi mới, vì khung pháp lý hiện nay thực ra đã ít nhiều có sự cởi mở, ví dụ như “không có sự phân biệt đối xử” giữa tổ chức nghiên cứu công lập và tổ chức nghiên cứu tư nhân, các doanh nghiệp và đại diện nông dân hoàn toàn có thể tham dự các hội đồng, và các cơ quan khoa học ngày nay hoàn toàn có thể đứng ra thành lập các công ty cổ phần để kinh doanh sản phẩm nghiên cứu. Tuy nhiên hiện nay, theo Bộ trưởng, dù khung pháp lý và cơ chế của Nhà nước đã có nhiều cởi mở, song hệ thống hành chính cấp cơ sở ở Việt Nam vẫn còn những hiện tượng quan liêu. Ví dụ như các cục thuế, các sở kế hoạch đầu tư, và các cơ quan an ninh địa phương vẫn gây khó khăn cho các đơn vị sự nghiệp trong việc đăng ký thành lập các doanh nghiệp khoa học công nghệ, đòi phải có hướng dẫn hoặc chỉ đạo của các cơ quan cấp trên phụ trách trực tiếp, trong khi thực tế là Chính phủ và các Bộ, ngành đã có những quy định hiện hành đầy đủ. Vì vậy, phải làm sao nhanh chóng “thấm được tư duy đổi mới” vào bộ máy các cấp cơ quan hành chính.