Trước tình trạng nhà khoa học đối phó việc quyết toán dự án, đề tài bằng việc thêm các danh mục, chuyên đề không làm trong thực tế vào hồ sơ thanh toán, quyết toán, Bộ KH và CN, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư liên tịch số 55/2015/TTLT-BTC-BKHCN (Thông tư 55) về định mức xây dựng phân bổ dự toán và quyết toán kinh phí với nhiệm vụ khoa học có sử dụng ngân sách và Thông tư liên tịch số 27/2015/TTLT-BKHCN-BTC (Thông tư 27) quy định khoán chi thực hiện nhiệm vụ khoa học sử dụng ngân sách. Hai thông tư này được kỳ vọng sẽ “cởi trói” thủ tục thanh toán, quyết toán đề tài, tạo thuận lợi cho nhà khoa học yên tâm nghiên cứu. Tuy nhiên, thực tế triển khai thời gian qua, nhiều nhà khoa học cho biết, để được thanh toán, quyết toán, họ vẫn phải xây dựng định mức nội dung công việc, xác định được người tham gia, thời gian hoàn thành, các khoản chi rõ ràng. Nếu hoàn thành các nội dung công việc đó, đôi khi hồ sơ thanh toán nhiều tài liệu hơn nội dung nghiên cứu khoa học. Mặc dù Thông tư 27 quy định khoán đến sản phẩm cuối cùng, nhưng vẫn phải có đầy đủ chứng từ, hóa đơn, nhiều trường hợp không rõ hóa đơn nào hợp lệ hay không hợp lệ, đến khi thanh quyết toán phải làm lại thủ tục từ đầu, khiến nhà khoa học mất nhiều thời gian. Một số nhà khoa học cho biết, họ phải thuê đơn vị khác hoàn thiện để thanh quyết toán.

Thông tư 55 cũng bộc lộ hạn chế khi định mức kỹ thuật, ngày công lao động chưa được điều chỉnh kịp thời; không đánh giá đúng công sức của chuyên gia do định mức chi cho thù lao viết nhận xét đánh giá của hội đồng tuyển chọn, nghiệm thu thấp hơn thù lao tham gia họp hội đồng tuyển chọn, nghiệm thu. Ngoài ra, dự toán kinh phí quản lý chung nhiệm vụ KH và CN bằng 5% tổng dự toán kinh phí thực hiện nhiệm vụ KH và CN không đủ để tổ chức chủ trì nhiệm vụ KH và CN thực hiện đầy đủ các chức năng quản lý. PGS, TS Bùi Minh Trí, Viện Trưởng Nghiên cứu Kinh thành (Viện Hàn lâm Khoa học xã hội Việt Nam) cho rằng, hơn 10 năm nay, đơn giá kỹ thuật vẫn không hề thay đổi, với mức chi cho công nhân là 80.000 đồng/ngày công, cán bộ là 120.000 đồng/ngày công trong khi mức lương cơ bản đã tăng. Các mức chi quy định trong Thông tư 55 khiến các cơ quan chủ quản khó thực hiện chế độ đãi ngộ nhà khoa học vì không dám đặt ra định mức cao đối với hệ số tiền công, định mức thù lao chuyên gia tham gia hội đồng tuyển chọn và nghiệm thu nhiệm vụ KH và CN cấp bộ, cấp cơ sở. Theo ý kiến nhiều nhà khoa học, thủ tục thanh toán, quyết toán dự án, đề tài khoa học nên vận dụng phương pháp quản lý của Quỹ Phát triển KH và CN quốc gia (Nafosted) đang thực hiện. Theo đó, cơ quan chủ quản chỉ phê duyệt dự toán đề tài, nhiệm vụ khoa học với một số hạng mục chi ngân sách như: Nhân công, vật tư, hóa chất tiêu hao, mua sắm thiết bị. Trên cơ sở đó, đơn vị thực hiện nhiệm vụ dự án, đề tài có toàn quyền chủ động quyết định các khoản chi.

Một bất cập khác là quá trình phê duyệt đề tài kéo dài, từ khi đề xuất đến khi được phê duyệt, cấp kinh phí, một nhiệm vụ khoa học có khi phải chờ đợi gần 18 tháng. Do thời gian bị kéo dài, đề tài nghiên cứu khi được cấp kinh phí thì có thể không tiếp tục thực hiện được vì chi phí dự toán bị trượt giá hoặc nội dung nghiên cứu không còn tính mới, nước ngoài đã công bố trước. TS Nguyễn Đình Kỳ, Phó Chủ nhiệm Chương trình Tây Nguyên giai đoạn 2016-2020 cho rằng, nhà khoa học luôn mong muốn đề xuất của mình được phê duyệt, triển khai nghiên cứu ngay để kết quả sớm được ứng dụng. Nhưng thời gian phê duyệt đề tài kéo dài như hiện nay không chỉ làm mất tính thời sự của vấn đề nghiên cứu mà còn làm vơi đi đam mê của các nhà khoa học. Cần đơn giản hóa, loại bớt các văn bản, biếu mẫu, thủ tục hành chính để nhà khoa học tập trung nghiên cứu hiệu quả. Ngoài ra, cần tránh cào bằng trong phân bổ kinh phí nghiên cứu khoa học. GS, TS Nguyễn Văn Tuyến, Viện trưởng Hóa học (Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam) cho rằng, ngân sách nhà nước dành cho khoa học còn khiêm tốn và bị dàn trải, dẫn tới kém hiệu quả. Việc phân bổ kinh phí cho các cơ quan nghiên cứu đầu ngành, các trường đại học và các địa phương chưa phù hợp, cần sớm điều chỉnh lại, ưu tiên cho các viện nghiên cứu đầu ngành.

Bộ trưởng KH và CN Chu Ngọc Anh cho biết, trên cơ sở ý kiến của các nhà khoa học, Bộ sẽ nghiên cứu, sửa đổi quy trình về nghiệm thu đề tài, phối hợp Bộ Tài chính sửa đổi quy trình về thủ tục thanh quyết toán kinh phí, bảo đảm phù hợp, đơn giản hóa thủ tục hành chính và Luật Ngân sách nhà nước.