Trong khi nền kinh tế Việt Nam đã được chia thành các thành phần hoạt động rất năng động trong đó kinh tế tư nhân và đầu tư nước ngoài đóng góp lớn cho tăng trưởng chung, thực sự trở thành hai nhóm đối tượng chính có nhu cầu áp dụng khoa học công nghệ thì kinh tế nhà nước tuy chiếm tỉ trong lớn trong đầu tư công nhưng chỉ đóng một vai trò khiêm tốn trong tăng trưởng kinh tế chung và chưa thể hiện được nhu cầu cần thiết về khoa học công nghệ.

Hầu hết các cơ quan nghiên cứu khoa học công nghệ là cơ quan công lập, nguồn vốn chủ yếu đầu tư cho nghiên cứu khoa học là tiền nhà nước. Bởi vậy, sự kết nối giữa nguồn sáng tạo khoa học công nghệ và nơi tiếp nhận khoa học công nghệ vẫn là một khoảng cách lớn, và cơ chế thị trường chưa hoạt động một cách hiệu quả. Các cơ quan nghiên cứu không có vị thế là người sản xuất và bán khoa học công nghệ. Đông đảo những người áp dụng khoa học công nghệ vào sản xuất và kinh doanh không có tư thế của người mua khoa học công nghệ. Nhà nước cấp tiền cho các đề tài khoa học để làm ra các báo cáo, chưa hình thành các sản phẩm khoa học công nghệ cụ thể sẵn sàng đưa vào ứng dụng. Các hội đồng khoa học do các nhà nghiên cứu tham gia là người xác định kết quả nghiên cứu chứ không phải giá cả mua bản hình thành từ hiệu quả áp dụng công nghệ đem lại do tiến bộ kĩ thuật. Cán bộ khoa học làm việc trong các cơ quan công lập trông đợi vào quyền lợi do thăng chức hoặc số đề tài được giao chứ không thể làm giàu và được coi trọng nhờ giá trị ứng dụng các tiến bộ kĩ thuật hoặc giá trị khoa học của công trình.

Các cơ quan quản lý nhà nước chịu trách nhiệm cấp phát vốn cho các viện nghiên cứu theo mức phân chia giàn đều nhằm duy trì bộ máy của các đơn vị. Kinh phí đề tài được giao theo kế hoạch hàng năm với cơ chế xin-cho hoặc dựa trên các hội đồng đấu thầu, chịu ảnh hưởng rất nhiều của các mối quan hệ cá nhân. Đây là những trở ngại đã kéo dài hàng chục năm không được giải quyết.

Giải pháp:

1.    Trao quyền tự chủ cho các cơ quan nghiên cứu công lập để các đơn vị này phải cạnh tranh theo cơ chế thị trường và có cơ chế buộc các đơn vị làm ăn kém hiệu quả phải giải thể, đơn vị làm ăn hiệu quả cao có thể tích lũy tái sản xuất để phát triển.

2.    Cán bộ nghiên cứu khoa học phải được đánh giá và thăng thưởng bằng kết quả nghiên cứu - tính bằng ý nghĩa khoa học theo tiêu chuẩn thế giới và hiệu quả ứng dựng cho bộ phận tiếp nhận.

3.    Nhà nước đầu tư cho nghiên cứu của cả các cơ quan công lập và hỗ trợ cho cả các cơ quan thuộc thành phần kinh tế khác.

4.    Kinh phí nghiên cứu khoa học thuộc khối ngân sách do các quỹ độc lập quản lý có tỉ lệ hàng năm phân chia hợp lý cho ba mục đích: Các đề tài nghiên cứu cơ bản và các đề tài nghiên cứu cho mục đích công cộng; các đề tài mục đích thuần túy khoa học; hỗ trợ cho các đề tài nghiên cứu mang tính ứng dụng mà sản xuất yêu cầu. Mỗi đề tài trên có cơ chế và cấp phát khác nhau, do người sử dụng tiến bộ kĩ thuật hoặc người đại diện của họ quyết định việc lựa chọn người thực hiện và đánh giá kết quả.