Năm 2011, Viện KH và CN Việt Nam đã triển khai thực hiện hơn 350 nhiệm vụ, đề tài, dự án KH-CN các cấp (kể cả các đề tài, dự án chuyển tiếp). Bên cạnh đó, viện cũng thực hiện 12 dự án NGO, sáu dự án ODA với kinh phí 583 tỷ đồng (riêng dự án vệ tinh VNRED Sat 1 là 574 tỷ đồng)... Ðáng chú ý, có những công trình triển khai thực hiện trong thời gian năm, bảy năm, thậm chí hàng chục năm nay mới phát huy tác dụng trong thực tiễn đời sống. Ðó là công trình về giải pháp hồ treo thu và giữ nước ngầm vách núi, phục vụ đồng bào các huyện vùng cao khan hiếm nước sinh hoạt ở Hà Giang của nhóm tác giả Viện Ðịa chất; là sản phẩm thuốc hỗ trợ cắt cơn nghiện ma túy Hentos do Giáo sư Trần Văn Sung (Viện Hóa học) chủ trì, sau 15 năm kiểm nghiệm lâm sàng đã được Bộ Y tế nghiệm thu, cấp giấy chứng nhận đưa vào sản xuất... Trong năm 2011, Viện KH và CN Việt Nam công bố 1.612 công trình khoa học, trong đó 334 bài báo khoa học được công bố trên các tạp chí quốc tế có uy tín, đạt tiêu chuẩn ISI; đồng thời viện được cấp bảy bằng sáng chế và bốn giải pháp hữu ích.

Tuy nhiên, so với yêu cầu và tiềm năng thì những con số trên còn rất khiêm tốn và hạn chế. Bởi như một số chuyên gia lâu năm ở đây đánh giá thì số lượng công trình khoa học của viện được công bố hằng năm trên các tạp chí quốc tế chỉ tương đương với một trường đại học ở một quốc gia trong khu vực; chưa có những đề tài, dự án chứa đựng hàm lượng khoa học cao, có tác động lớn đến phát triển kinh tế - xã hội của đất nước. Không ít đề tài thực hiện trong thời gian qua chất lượng còn thấp.

Quy hoạch tổng thể phát triển Viện KH và CN Việt Nam đến năm 2020 và định hướng đến năm 2030 đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt cuối năm 2011. Trong đó, mục tiêu lớn được xác định là: Xây dựng Viện KH và CN Việt Nam trở thành một Trung tâm KH và CN hàng đầu của cả nước, nghiên cứu đa ngành, đa lĩnh vực, với đội ngũ cán bộ KH và CN có trình độ chuyên môn cao; cơ sở vật chất kỹ thuật hiện đại, đạt trình độ tiên tiến trên thế giới, có quan hệ hợp tác quốc tế sâu rộng với nhiều nước có nền KH và CN phát triển; đáp ứng tốt các yêu cầu phát triển KH và CN và sự phát triển kinh tế - xã hội bền vững của đất nước. Ðây là một nhiệm vụ hết sức nặng nề, đòi hỏi sự nỗ lực phấn đấu quyết liệt của đội ngũ cán bộ Viện KH và CN Việt Nam. Vấn đề đặt ra đối với viện là có giải pháp phát triển quy mô và nâng cao chất lượng công tác nghiên cứu khoa học, phát triển và chuyển giao công nghệ. Ðẩy mạnh các hướng nghiên cứu có tính chất đa ngành, liên ngành, trọng điểm, tích hợp nhiều chuyên môn của các viện chuyên ngành nhằm tận dụng và phát triển lợi thế so sánh của cơ sở khoa học - công nghệ lớn nhất cả nước. Một mặt đầu tư thỏa đáng các nguồn lực cho lĩnh vực nghiên cứu cơ bản, nhất là các chuyên ngành có thế mạnh như: toán học, vật lý, công nghệ sinh học, khoa học vật liệu... Mặt khác, tập trung ưu tiên phát triển một số hướng khoa học và công nghệ mũi nhọn, công nghệ cao phục vụ thiết thực sự nghiệp CNH, HÐH đất nước như công nghệ thông tin, tự động hóa và công nghệ vũ trụ, khoa học và công nghệ biển, đa dạng sinh học và các chất có hoạt tính sinh học cao, vật liệu mới, môi trường và năng lượng. Coi trọng việc xây dựng các nhóm nghiên cứu mạnh về khoa học cơ bản đạt trình độ khu vực và thế giới. Ðồng thời đẩy mạnh hoạt động nghiên cứu ứng dụng và chuyển giao công nghệ nhằm khai thác có hiệu quả tài nguyên thiên nhiên, bảo vệ môi trường, ứng phó và giảm nhẹ tác động của biến đổi khí hậu.

Một vấn đề không kém phần quan trọng khiến một số chuyên gia lâu năm ở đây lo lắng là việc thu hút các cán bộ trẻ và tài năng về viện ngày càng khó khăn (thậm chí mười năm qua viện gửi ra nước ngoài đào tạo trình độ sau đại học hơn 100 người nhưng số quay về công tác chỉ khoảng 30%). Nhất là trong điều kiện các chương trình trọng điểm lớn giai đoạn 2010 - 2020 đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt như Chương trình nghiên cứu và ứng dụng công nghệ vũ trụ, Chương trình Tây Nguyên 3, Ðề án tổng thể về điều tra cơ bản và quản lý tài nguyên môi trường biển... đang đòi hỏi một đội ngũ nhân lực có chất lượng cao. Bởi vậy, viện cần có cơ chế, chính sách thỏa đáng thu hút người tài, gắn kết chặt chẽ giữa đào tạo và nghiên cứu khoa học. Ðồng thời, khai thác có hiệu quả các phòng thí nghiệm trọng điểm đã được Nhà nước đầu tư, mạnh dạn hình thành và phát triển các doanh nghiệp khoa học và công nghệ phục vụ thiết thực đời sống, sản xuất và kinh doanh.

Từng bước khắc phục những khó khăn, vướng mắc đó, đến năm 2020, dự kiến viện xây dựng được mười tổ chức KH và CN trọng điểm, hình thành được khoàng 15 doanh nghiệp khoa học; số lượng công trình khoa học được công bố quốc tế và số bằng sáng chế được đăng ký bảo hộ tăng gấp ba lần so giai đoạn 2001 - 2010, như mục tiêu đề ra.