Theo báo cáo của Thứ trưởng Chu Ngọc Anh, năm 2012, Bộ đã hoàn thành và trình Thủ tướng Chính phủ nhiều chương trình, đề án quốc gia về phát triển KH&CN như Chương trình Hỗ trợ phát triển doanh nghiệp KH&CN và tổ chức KH&CN công lập thực hiện cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm; Đề án Nâng cao năng lực của trung tâm ứng dụng tiến bộ KH&CN, trung tâm kỹ thuật tiêu chuẩn đo lường chất lượng thuộc các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương; Đề án Tăng cường năng lực nghiên cứu – triển khai và hỗ trợ kỹ thuật phục vụ phát triển ứng dụng năng lượng nguyên tử và bảo đảm an toàn, an ninh; Chương trình Phát triển thị trường KH&CN.

Trong đó, các chương trình KH&CN lớn, dài hạn, đa mục tiêu (như đổi mới công nghệ, phát triển công nghệ cao, sản phẩm quốc gia) đã được Bộ xúc tiến chuẩn bị các điều kiện về tài chính, nhân lực, pháp lý và kỹ thuật để có thể triển khai đồng bộ và hiệu quả từ năm 2013. Đến nay, cả 3 chương trình quốc gia này đã có thông tư hướng dẫn quản lý chương trình. 2/3 chương trình đã có các thông tư liên tịch hướng dẫn quản lý tài chính. Các thông tư quy định việc xác định, tuyển chọn hoặc giao trực tiếp thực hiện các dự án thuộc Chương trình phát triển công nghệ cao và Chương trình sản phẩm quốc gia cũng đang được khẩn trương hoàn thiện ban hành. Bộ KH&CN cũng đã thành lập Văn phòng các chương trình quốc gia về KH&CN, các Ban chủ nhiệm chương trình với các quy chế tổ chức và hoạt động cụ thể.

Riêng đối với Chương trình phát triển sản phẩm quốc gia, Bộ đã tổ chức công bố Danh mục sản phẩm quốc gia đến năm 2020 và tích cực phối hợp với các Bộ, ngành hoàn tất các thủ tục để triển khai các dự án nghiên cứu sản xuất đối với 6 nhóm sản phẩm chính thức (lúa gạo chất lượng cao, năng suất cao; thiết bị siêu trường, siêu trọng; sản phẩm an ninh mạng; động cơ cho các phương tiện giao thông vận tải; văc-xin cho người, vật nuôi; sản phẩm quốc phòng – an ninh) và 3 nhóm sản phẩm dự bị (nấm ăn và nấm dược liệu; cá da trơn; sản phẩm vi mạch điện tử).

Bộ trưởng Nguyễn Quân khẳng định, sẽ duy trì kinh phí tổi thiểu để các chương trình KH&CN và khoa học xã hội hoạt động bình thường, nhưng trong thời gian tới các nguồn kinh phí tăng thêm sẽ tập trung cho các chương trình quốc gia. Tuy nhiên, phải làm thế nào để đến cuối năm 2013 đạt được những kết quả tích cực đầu tiên.