Thực tế cho thấy đã và đang có sự lãng phí trong đầu tư nghiên cứu các đề tài khoa học nói chung và trong nông nghiệp nói riêng. Sự lãng phí này một mặt làm gia tăng sức ép lên nền kinh tế, mặt khác, làm giảm lòng tin của người dân đối với các nhà khoa học. Chính vì vậy, nhiều chuyên gia cho rằng, Nhà nước chỉ nên tập trung đầu tư vào những đề tài khoa học có tính ứng dụng cao thay vì đầu tư theo số lượng như lâu nay vẫn làm. Song, do cơ chế phân bổ, lập dự toán ngân sách đầu tư còn hạn chế cho nên đa phần những đề tài nghiên cứu khoa học đều rơi vào tình trạng  đầu tư thừa còn hơn bỏ sót. Mới đây, chủ trương khoán đề tài, lập dự toán kinh phí đối với các nhiệm vụ khoa học đã được đề xuất. Sáng kiến này được xem là tích cực, được kỳ vọng sẽ là đòn bẩy thúc đẩy công tác nghiên cứu khoa học có trọng tâm và đi vào chiều sâu, đồng thời giúp nông nghiệp có những tiến bộ vượt bậc. Tuy nhiên, tổ chức khoán  thế nào để những sản phẩm khoa học thật sự là sản phẩm có chất lượng  tốt đáp ứng yêu cầu phát triển KHCN và kinh tế - xã hội của đất nước là câu hỏi không dễ trả lời. Ðể thực hiện khoán tốt, đầu tiên phải xác định rõ nhiệm vụ, tiêu chuẩn, định mức về kinh tế kỹ thuật, về tài chính,  nhằm xác định cụ thể chính xác nhiệm vụ này phải cần bao nhiêu kinh phí để thực hiện hiệu quả. Bên cạnh đó, phải có những tiêu chí đánh giá, nghiệm thu sản phẩm, để những sản phẩm đó thật sự phù hợp với mục tiêu, kinh phí được giao. Nếu làm được như vậy, chúng ta sẽ làm tốt khâu đầu và kiểm định tốt khâu nghiệm thu, còn khâu tổ chức thực hiện có thể giao quyền tự chủ mạnh mẽ hơn cho các nhà khoa học và các tổ chức được giao nhiệm vụ.

Cùng với việc khoán đề tài, vấn đề bản quyền và giải quyết tốt mối quan hệ hài hòa giữa lợi ích của nhà khoa học, lợi ích của tổ chức nơi nhà khoa học công tác và lợi ích của Nhà nước, cơ quan bỏ kinh phí  nghiên cứu là một mắt xích quan trọng góp phần tạo ra sự đột phá trong nghiên cứu khoa học. Tuy nhiên, tại Thông tư 93 ngày 4-10-2006 của liên Bộ Tài chính và Bộ Khoa học và Công nghệ về hướng dẫn chế độ khoán kinh phí của đề tài, dự án KH-CN sử dụng ngân sách nhà nước quy định đối với những sản phẩm khoa học bằng nguồn ngân sách nhà nước nếu có thương mại hóa thì ngân sách nhà nước được 40%, tổ chức nghiên cứu khoa học sẽ được 30% và bản thân các nhà khoa học được 30%. Với mức phân bổ này, các nhà nghiên cứu cho rằng nếu không có sự điều chỉnh thích hợp sẽ không  khuyến khích các nhà khoa học dồn hết tâm huyết cho nghiên cứu khoa học. Ðược biết, trong Dự thảo Luật Khoa học và Công nghệ sửa đổi cũng có một điều quy định rõ hơn về bản quyền của nhà khoa học và tổ chức khoa học về cơ chế khuyến khích khi chuyển giao các sản phẩm khoa học vào thực tiễn. Hy vọng rằng, trong tương lai khi đã được luật hóa, các cơ quan nhà nước sẽ có cơ chế thông thoáng hơn, khuyến khích hơn trong thúc đẩy nghiên cứu khoa học và công nghệ, nhằm khắc phục tình trạng nhiều đề tài, nhiều sản phẩm được nghiệm thu nhưng tính ứng dụng không cao.