Theo Cục Phát triển thị trường và doanh nghiệp khoa học và công nghệ (Bộ khoa học và công nghệ), cả nước có 204 doanh nghiệp được cấp giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học công nghệ. Dù Nhà nước đã ban hành nhiều chính sách khuyến khích và ưu đãi về thuế, đất đai… nhưng doanh nghiệp khoa học, công nghệ vẫn còn gặp phải nhiều vấn đề khó khăn. Phần lớn các doanh nghiệp khoa học, công nghệ có cơ sở hạ tầng, sản xuất, kinh doanh, đầu tư manh mún, việc thương mại hóa sản phẩm còn nhiều rào cản từ cơ chế chính sách.

Hiện các sản phẩm khoa học, công nghệ luôn đổi mới, sáng tạo, trong khi chưa có các quy định về quy chuẩn, tiêu chuẩn, chất lượng của sản phẩm mới này, còn các cơ quan quản lý nhà nước lại lúng túng trong việc cấp phép lưu hành.

Trước đó, Thủ tướng Chính phủ đã phê duyệt Chiến lược phát triển Khoa học và Công nghệ giai đoạn 2011-2020; Theo đó, chiến lược phát triển Khoa học và Công nghệ giai đoạn 2011-2020 đặt ra những mục tiêu cụ thể như, năm 2015, phấn đấu tăng tốc đầu tư xã hội cho khoa học và công nghệ đạt 1,5% GDP và nâng lên trên 2% GDP vào năm 2020, bảo đảm mức đầu tư từ ngân sách nhà nước cho khoa học và công nghệ không dưới 2% tổng chi ngân sách nhà nước hàng năm; giá trị giao dịch của thị trường khoa học và công nghệ tăng trung bình 15-17%/năm.

Về cơ chế hoạt động khoa học công nghệ, Việt Nam sẽ triển khai mô hình hợp tác công- tư trong lĩnh vực khoa học và công nghệ, phát triển các hình thức hợp tác nghiên cứu, đổi mới công nghệ, thực hiện nghiên cứu ứng dụng khoa học và công nghệ theo đặt hàng của Chính phủ, các bộ, chính quyền địa phương, các doanh nghiệp và tổ chức khác.

Về định hướng phát triển doanh nghiệp khoa học, công nghệ trong thời gian tới, ông Trần Xuân Đích, Phó Cục trưởng Cục Phát triển thị trường và Doanh nghiệp khoa học và công nghệ cho biết: “Đến năm 2020, phấn đấu có 5.000 doanh nghiệp khoa học công nghệ. Để đạt mục tiêu này, sẽ tiếp tục hoàn thiện các chính sách khoa học công nghệ theo hướng tạo điều kiện thuận lợi hơn nữa cho doanh nghiệp khoa học công nghệ được hưởng những lợi ích thiết thực. Đề nghị các địa phương và sở, ngành quan tâm tạo điều kiện cho doanh nghiệp khoa học, công nghệ phát triển và xem đây là nhiệm vụ quan trọng”.

Theo Bộ trưởng Bộ KH&CN Nguyễn Quân: Bộ KH&CN rất coi trong doanh nghiệp nói chung và doanh nghiệp khởi nghiệp nói riêng. Doanh nghiệp khởi nghiệp có năng suất rất là cao, có giá trị gia tăng lớn đặc biệt là sản phẩm hàng hóa của những doanh nghiệp này có sức cạnh tranh rất lớn. Vì thế ở Việt Nam chúng ta cũng đã dành cho doanh nghiệp khởi nghiệp một sự ưu đãi. Nghị định về doanh nghiệp KH&CN cho phép các doanh nghiệp đó được hưởng ưu đãi cao nhất về thuế như là các doanh nghiệp Công nghệ cao mặc dù nó có thể chưa phải là  doanh nghiệp công nghệ cao.

Ông Trần Đắc Hiến – Vụ trưởng Vụ Tổ chức cán bộ (Bộ KH&CN), Giám đốc Ban Quản lý Dự án “Hỗ trợ xây dựng chính sách đổi mới và phát triển các cơ sở ươm tạo doanh nghiệp – BIPP” thuộc Bộ KH&CN cho rằng, việc xây dựng khung pháp lý cho hoạt động ươm tạo và phát triển các DN KHCN cùng với việc kết nối giữa các viện nghiên cứu, trường đại học, doanh nghiệp và thương mại hóa các kết quả nghiên cứu là 1 trong những giải pháp đột, phá có ý nghĩa hết sức quan trọng để góp phần phát triển kinh tế - xã hội trong điều kiện kinh tế thị trường và hội nhập quốc tế hiện nay. Dự án BIPP được hình thành do Bộ KH&CN là cơ quan chủ quản và sự hỗ trợ của Cơ quan phát triển Bỉ sẽ là 1 kênh hỗ trợ quan trọng thúc đẩy phát triển hoạt động ươm tạo công nghệ, ươm tạo doanh nghiệp khởi nghiệp tại Việt Nam.