Theo đánh giá của Cục Phát triển thị trường và doanh nghiệp khoa học và công nghệ, mặc dù một số doanh nghiệp đã được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ nhưng cho đến nay vẫn chưa có doanh thu từ sản phẩm làm ra. Trong quá trình thương mại hóa sản phẩm, nhiều doanh nghiệp gặp không ít khó khăn trong việc đưa sản phẩm ra thị trường.

Cụ thể,  Cục Phát triển thị trường và doanh nghiệp khoa học và công nghệ cho rằng, pháp luật quy định một số ngành nghề kinh doanh phải được cơ quan nhà nước có thẩm quyền đánh giá và cấp phép mới được lưu hành trên thị trường. Trong khi đó, sản phẩm khoa học và công nghệ luôn đổi mới, sáng tạo, nhiều sản phẩm mới chưa có những quy chuẩn, tiêu chuẩn quy định về chất lượng. Việc thiếu các quy định về đánh giá, công nhận sản phẩm mới khiến cho các kết quả khoa học và công nghệ mới chậm trễ trong việc đưa ra thị trường, đến khi có quy định điều chỉnh thì tính cạnh tranh của sản phẩm cũng giảm. Dẫn đến tình trạng hoặc là doanh nghiệp sẽ không được kinh doanh sản phẩm mới hoặc phải vi phạm pháp luật để kinh doanh những sản phẩm mới trước khi luật cho phép kinh doanh.

Ví dụ tại Công ty Cổ phần công nghệ Việt Séc là một minh chứng điển hình. Công ty là một trong hai doanh nghiệp khoa học và công nghệ của Bà Rịa – Vũng Tàu, hoạt động trong lĩnh vực sản xuất tàu thuyền và phương tiện nổi. Với kết quả khoa học và công nghệ là sản xuất cano, tàu thuyền, công trình nổi bằng vật liệu mới PPC, công ty được cấp GCN Doanh nghiệp khoa học và công nghệ và được trao tặng nhiều giải thưởng về khoa học và công nghệ. Tuy nhiên, sản phẩm của công ty lại không có khả năng triển khai thương mại hóa do chưa được cấp đăng kiểm (nguyên nhân do chưa có quy phạm điều chỉnh đối với công nghệ vật liệu mới PPC). 

Cùng với khó khăn nói trên là hiện nay sản phẩm mới của doanh nghiệp khoa học và công nghệ rất khó tiếp cận thị trường do tâm lý e ngại của người tiêu dùng. Rất nhiều các sản phẩm khoa học và công nghệ mới được tạo ra trong nước, được các cơ quan nhà nước có thẩm quyền đánh giá cao, trao tặng các giải thưởng khoa học và công nghệ nhưng lại không đủ sức cạnh tranh với hàng ngoại do sự e ngại của người tiêu dùng, công tác truyền thông đến công chúng hạn chế do thiếu kinh phí. Điển hình trường hợp dòng sản phẩm từ cây trinh nữ hoàng cung của Công ty Thiên Dược (Bình Dương), sản phẩm lò đốt rác thải y tế công nghệ cao của Công ty Trách nhiệm hữu hạn Nhiệt công nghiệp Hỏa Tự Long (Bắc Kạn),… 

Sản phẩm được làm ra từ công nghệ mới, giá thành cao cũng là một cản trở khiến sản phẩm khó thương mại hóa được. Nhiều sản phẩm khoa học và công nghệ có đối tượng hướng tới là những người dân có thu nhập thấp (chủ yếu trong lĩnh vực nông, lâm, ngư nghiệp) nên cũng khó thương mại hóa. Điển hình như sản phẩm thuyền phao cứu sinh của Công ty Cổ phần tư vấn và đầu tư Năm Sao (được cấp bằng bảo hộ sáng chế) có đối tượng hướng tới là ngư dân các tỉnh ven biển, mặc dù được UBND các tỉnh và ngư dân đón nhận nhưng lại không có khả năng sản xuất hàng loạt do giá thành sản phẩm cao hơn so với phương tiện thuyền thúng truyền thống, ngư dân không có khả năng tiếp cận.

Ngoài ra, bảo hộ quyền sở hữu trí tuệ và mở rộng thị trường ra nước ngoài là những vấn đề đặc biệt quan trọng. Nếu sản phẩm mới, sản xuất từ công nghệ mới của doanh nghiệp không được bảo hộ sở hữu trí tuệ, có thể bị xâm hại đến tài sản, giá trị thương hiệu của doanh nghiệp khoa học và công nghệ. Vì sản phẩm mới nên chưa có tiêu chuẩn trong nước quy định, gặp khó khăn khi xuất khẩu dù đã có những đối tác nước ngoài sẵn sàng hợp tác.

Khắc phục những vấn đề nêu trên, Cục Phát triển thị trường và doanh nghiệp khoa học và công nghệ cho rằng, cần sớm triển khai đồng bộ các giải pháp nhằm hình thành chuỗi giá trị hàng hóa các sản phẩm sáng tạo trong nước, để kết nối các doanh nghiệp sáng tạo và hỗ trợ đầu ra cho các sản phẩm khoa học và công nghệ. Tiến đến hỗ trợ đầu tư, thương mại hóa các sản phẩm khoa học và công nghệ có đối tượng hướng tới là những người có thu nhập thấp, công nghệ ứng dụng tại các địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn. Bổ sung các chính sách hỗ trợ của Nhà nước đối với doanh nghiệp khoa học và công nghệ, chú trọng các chính sách hỗ trợ doanh nghiệp tiếp cận thị trường, hỗ trợ giới thiệu các sản phẩm của doanh nghiệp khoa học và công nghệ. Tăng cường kết nối cung cầu, tiêu thụ sản phẩm. Hoàn thiện hệ thống tiêu chuẩn quốc gia, cập nhật hệ thống tiêu chuẩn kiểm định lưu hành sản phẩm thì nên chấp nhận hệ thống tiêu chuẩn quốc tế phổ biến, để sản phẩm khoa học và công nghệ mới được sản xuất và lưu hành. Cần có hàng rào kỹ thuật để bảo vệ quyền lợi người tiêu dùng và bảo vệ sản xuất trong nước, hạn chế nhập khẩu công nghệ cũ của nước ngoài, hướng dẫn doanh nghiệp khoa học và công nghệ đăng ký và công bố tiêu chuẩn được phép lưu hành.