Nghị định quy định tổ chức, cá nhân nước ngoài tiến hành nghiên cứu khoa học trong nội thủy, lãnh hải Việt Nam phải được sự cho phép của cơ quan nhà nước có thẩm quyền của Việt Nam.

Tổ chức, cá nhân nước ngoài tiến hành nghiên cứu khoa học trong vùng đặc quyền kinh tế và thềm lục địa Việt Nam phải được sự chấp thuận của cơ quan nhà nước có thẩm quyền của Việt Nam.

Việc cho phép tổ chức, cá nhân nước ngoài tiến hành nghiên cứu khoa học trong nội thủy, lãnh hải Việt Nam và việc chấp thuận cho tổ chức, cá nhân nước ngoài tiến hành nghiên cứu khoa học trong vùng đặc quyền kinh tế và thềm lục địa Việt Nam được thể hiện bằng quyết định cấp phép nghiên cứu khoa học.

Nghị định cũng quy định 8 trường hợp từ chối cấp phép cho tổ chức, cá nhân nước ngoài tiến hành nghiên cứu khoa học trong vùng biển Việt Nam. Cụ thể:

1- Hoạt động nghiên cứu khoa học của tổ chức, cá nhân nước ngoài không vì mục đích hòa bình; làm phương hại đến chủ quyền, quyền chủ quyền, quyền tài phán quốc gia của Việt Nam, hoạt động quốc phòng, an ninh và lợi ích quốc gia trên biển của Việt Nam; làm phương hại đến trật tự, an toàn trên biển; hoạt động bị cấm theo quy định của pháp luật Việt Nam.

2- Hoạt động nghiên cứu khoa học của tổ chức, cá nhân nước ngoài ảnh hưởng nghiêm trọng đến các hoạt động điều tra cơ bản, nghiên cứu khoa học, thăm dò, khai thác, sử dụng tài nguyên biển đang được tiến hành hợp pháp trong vùng biển Việt Nam.

3- Hoạt động nghiên cứu khoa học của tổ chức, cá nhân nước ngoài có sử dụng vật liệu nổ, hóa chất độc, các phương tiện, thiết bị khác có khả năng gây thiệt hại đối với người, tài nguyên và gây ô nhiễm môi trường biển, trừ trường hợp quy định tại điểm c khoản 2 Điều 20 Luật Tài nguyên, môi trường biển và hải đảo.

4- Hoạt động nghiên cứu khoa học của tổ chức, cá nhân nước ngoài có xây dựng đảo nhân tạo, công trình trên biển.

5- Thông tin trong hồ sơ đề nghị cấp phép nghiên cứu khoa học của tổ chức, cá nhân nước ngoài cung cấp không chính xác hoặc thông tin về mục tiêu, nội dung của hoạt động nghiên cứu khoa học không phù hợp với sự thực hiển nhiên.

6- Tổ chức, các nhân nước ngoài đã được cấp phép trước đây để tiến hành nghiên cứu khoa học trong vùng biển Việt Nam nhưng không thực hiện hoặc thực hiện không đầy đủ nghĩa vụ theo quy định của pháp luật Việt Nam và Công ước của Liên hợp quốc về Luật biển năm 1982.

7- Hoạt động nghiên cứu khoa học của tổ chức, cá nhân nước ngoài có khoan ở đáy biển, lòng đất dưới đáy biển, trừ trường hợp được cơ quan có thẩm quyền cấp phép cho phép thực hiện.

8- Tổ chức, cá nhân nước ngoài nghiên cứu khoa học trong nội thủy, lãnh hải Việt Nam; nghiên cứu khoa học có khoan ở đáy biển, lòng đất dưới đáy biển không hợp tác nghiên cứu khoa học với phía Việt Nam khi Việt Nam có yêu cầu.

Ngoài ra, Nghị định quy định cụ thể việc cấp, sửa đổi, bổ sung, gia hạn, cấp lại quyết định cấp phép nghiên cứu khoa học; cũng như nêu rõ những trường hợp bị đình chỉ, thu hồi quyết định cấp phép nghiên cứu khoa học.