Các phương pháp tương tự đã được phát triển để phát hiện vi khuẩn E. coli gây bệnh trong các sản phẩm thịt, nhưng các phương pháp tiếp cận của các nhà khoa học của Khoa Nghiên cứu Nông nghiệp (ARS) của USDA là đầu tiên trong môi trường đường thủy. ARS là cơ quan nghiên cứu khoa học liên ngành chính của USDA, và nghiên cứu này hỗ trợ các ưu tiên của USDA về việc bảo đảm an toàn thực phẩm.

Khi cán bộ y tế kiểm tra vi khuẩn Salmonella hay E. coli 0157: H7 ở một bãi biển công cộng hay hồ, họ sử dụng hai loại vi khuẩn không gây bệnh, Enterococci và E. coli, như các chỉ số. Theo Michael Jenkins, một nhà vi sinh vật học tại Trung tâm Bảo tồn tài nguyên J. ARS Phil Campbell Sr, Watkinsville, bang Gieogia. Nhưng trong khi các chỉ số thường được phát hiện trong tuyến đường thủy bị ô nhiễm, hàm lượng cao của chúng không bảo đảm sự hiện diện của tác nhân gây bệnh.

 Những sinh vật mang chỉ số này khá đáng tin cậy, nhưng các nhà điều tra đã phát hiện các chỉ số trong nước không mang mầm bệnh và đã không tìm thấy chúng trong nước có chứa một lượng tác nhân đủ để gây bệnh cho người dùng.

 Các chỉ số được sử dụng như tín hiệu vì cả hai tác nhân gây bệnh là khó có thể phát hiện trực tiếp ở các cấp độ đó và sẽ làm cho một người bị nhiễm bênh: chỉ cần 100 tế bào của vi khuẩn Salmonella và chỉ từ 10-100 tế bào của E. coli 0157: H7, chủng độc hại của vi khuẩn. Chất hữu cơ trong mẫu nước sẽ cần đến công nghệ phản ứng chuỗi polymerase (PCR) hiện nay. Việc xuất hiện các Salmonella và E. coli thường thấy trong hoạt động nông nghiệp, do đó, cải thiện cách để theo dõi các nguồn vi khuẩn là một ưu tiên lớn.

 Jenkins và các đồng nghiệp của ông ở ARS là Dinku Endale và Dwight Fisher đã kết hợp các kỹ thuật đã được phát triển trước đây để đánh giá chất lượng nước và phát hiện mầm bệnh trong môi trường phòng thí nghiệm. Họ đã nghiên cứu một kỹ thuật lọc nước để tập trung các tác nhân gây bệnh, một phương tiện đặc biệt để phát triển và đo lường số lượng các tế bào gây bệnh, và tiến hành quá trình thử nghiệm sinh hóa và dùng công nghệ PCR.

 Họ đã thu thập mẫu nước từ một ao nuôi tại một địa điểm ở Watkinsville, cho chúng qua  một bộ lọc đặc biệt, và sử dụng một máy ly tâm để quay các chất được lọc thành dạng viên và sử dụng chúng để nuôi cấy các tế bào.