Hiện nay, các trung tâm nghiên cứu ứng dụng khoa học - công nghệ (KHCN) vùng ÐBSCL là đơn vị sự nghiệp có thu, hoạt động theo cơ chế của Nghị định 115. Mỗi một trung tâm có thế mạnh riêng của mình. Ở An Giang, hoạt động khảo nghiệm, thử nghiệm các giống cây, con thu được nhiều kết quả. Trung tâm Nghiên cứu ứng dụng KHCN đã khảo nghiệm và chọn các giống đậu phộng, rau dưa, hoa cho năng suất cao, kháng sâu, bệnh, đưa vào trồng tại các địa phương. Trung tâm cũng triển khai thử nghiệm lò đốt khí hóa trấu phục vụ các hộ gia đình có lượng trấu lớn; lắp đặt hệ thống chống sét, xử lý nước thải... Trung tâm Ứng dụng tiến bộ KHCN tỉnh Bạc Liêu cũng có nhiều mô hình sản xuất phục vụ đời sống, đem lại hiệu quả thiết thực cho người dân. Nhiều sản phẩm hàng hóa do Trung tâm sản xuất là kết quả của hoạt động khoa học ứng dụng như chế phẩm sinh học EMS, BOKASHI, rượu linh chi. Ngoài ra, Trung tâm còn tăng cường các hoạt động dịch vụ KHCN như thiết kế, lắp đặt hệ thống chống sét, xử lý nước thải, nước sinh hoạt, công nghệ phòng, chống mối mọt...

Ở Bến Tre, các hoạt động tư vấn, dịch vụ liên quan môi trường  chất lượng được đẩy mạnh. Ngoài ra, Trung tâm Nghiên cứu ứng dụng KHCN còn nhận thiết kế, lắp đặt các công trình cung cấp nước sạch, xử lý nước thải, kiểm định máy móc, vi sinh, hóa lý trong nhiều lĩnh vực. Phó Giám đốc Trung tâm Trương Thanh Tân cho biết, tỉnh Bến Tre đang cần có những công nghệ chế biến, bảo quản sau thu hoạch. Bến Tre là tỉnh có nhiều sản phẩm nông nghiệp nhưng phần lớn vẫn bán ở dạng thô.

Ở Cà Mau, Trung tâm Nghiên cứu ứng dụng KHCN còn sản xuất  chế phẩm sinh học EMOZEO phục vụ cho nuôi trồng thủy sản; cấy mô nhân giống các loại cây phong lan, địa lan, chuối... Giám đốc Trung tâm Nghiên cứu ứng dụng KHCN Cà Mau Huỳnh Quốc Việt  cho biết, trung tâm đang cần tìm công nghệ sản xuất chế phẩm EMOZEO dạng  bột; công nghệ xử lý ô nhiễm rác thải, nước thải và xử lý nước tại các trại sản xuất giống thủy sản.

Trung tâm Kỹ thuật và Ứng dụng công nghệ Cần Thơ thì có các công nghệ chuyển giao tốt như chủng mốc, enzim sinh học dùng sản xuất tương, chao; nhân giống hoa cảnh bằng kỹ thuật cấy mô; sản xuất, cung ứng các loại thuốc thẻ phát hiện nhanh độc tố trong thực phẩm, nước, môi trường. Tuy nhiên,  Giám đốc trung tâm Hoàng Quốc Toàn mong muốn tìm được công nghệ hiện đại hơn để sản xuất ra các loại thuốc thử này. Hằng năm, Sở KH và CN Cần Thơ đều xét duyệt các đề tài nghiên cứu nào có khả năng ứng dụng vào sản xuất thì sở yêu cầu sau khi nghiệm thu phải đào tạo và chuyển giao công nghệ cho trung tâm. Sau đó trung tâm xem xét, tự đầu tư để thương mại hóa kết quả nghiên cứu. Ở Sóc Trăng, Giám đốc Trung tâm Nghiên cứu ứng dụng KHCN Nguyễn Hoàng Dũng cho biết, trung tâm đã phân lập được giống nấm và hướng dẫn kỹ thuật trồng nấm rơm, nấm mèo, bào ngư và linh chi. Ngoài ra, Trung tâm còn cung cấp nấm xanh trừ rầy nâu hại lúa, nấm Trichoderma để sản xuất phân hữu cơ. Tuy nhiên, Trung tâm cũng đang cần công nghệ để bảo quản bánh pía, một đặc sản nổi tiếng của Sóc Trăng.