Chương trình đã thực hiện 24 đề tài, 7 dự án với những mục tiêu chính: phát triển, nâng cao tiềm lực khoa học và công nghệ; làm chủ công nghệ nền của công nghệ sinh học (công nghệ gen, công nghệ enzym-protein, công nghệ vi sinh, công nghệ tế bào, công nghệ nano sinh học); ứng dụng và phát triển công nghệ nền của công nghệ sinh học, tạo sản phẩm phục vụ phát triển kinh tế - xã hội.

Sau 5 năm thực hiện, Chương trình đã tạo ra 498 sản phẩm đạt chỉ tiêu đặt ra cả về số lượng và chất lượng, công bố 187 công trình khoa học trên các tạp chí trong nước và 33 công trình trên các tạp chí quốc tế. PGS. TS. Trương Nam Hải- Phó Chủ nhiệm Chương trình cho biết: 77,42% nhiệm vụ nghiên cứu có kết quả là các công nghệ ứng dụng trong các ngành kinh tế - kỹ thuật ở giai đoạn tiếp theo; 32,26% nhiệm vụ nghiên cứu có kết quả được ứng dụng phục vụ trực tiếp cho sản xuất kinh doanh; 25,81% nhiệm vụ nghiên cứu có kết quả được ứng dụng rộng rãi trong sản xuất, đời sống và được thương mại hóa. Các chỉ tiêu này đều vượt mức so với kế hoạch đề ra.
Nhiều sản phẩm của Chương trình được đánh giá cao như: Công nghệ xử lý nước thải sinh hoạt của đề tài KC.04.23/06-10 đã nhận được bằng sáng chế của tổ chức Sở hữu trí tuệ thế giới WIPO và 1 giải pháp được xét nhận đơn đăng ký bảo hộ tại Cục SHTT Hoa Kỳ USPTO; Sản phẩm vắc xin tụ huyết trùng cho trâu bò của dự án KC.04.DA07/06- 10 không những đáp ứng được nhu cầu trong nước mà còn xuất sang Campuchia; Công nghệ khí canh với các bộ khí canh nhỏ được áp dụng trong nhân giống sạch bệnh các cây trồng,… Một số công nghệ, thiết bị đã bước đầu thay thế các sản phẩm trước đây phải nhập từ nước ngoài như hệ thống thiết bị và công nghệ xử lý kị khí tự động hóa nước thải công nghiệp thực phẩm, các giống hoa lan Hồ điệp được sản xuất trên quy mô công nghiệp, bộ KIT giám định gen; enzym phytaza bổ sung vào thức ăn chăn nuôi,…

Được biết, trong giai đoạn 2011- 2015, Chương trình sẽ tập trung theo hướng ứng dụng và phát triển công nghệ nền của công nghệ sinh học và tiếp tục nghiên cứu sâu để định hướng ứng dụng trong tương lai.