Nhìn chung, ở lượng dùng thông dụng, cả 8 hoạt chất trừ cỏ đang sử dụng phổ biến trong sản xuất đều ít ảnh hưởng đến các loài động vật thủy sinh như cá chép, ốc bươu vàng. Mức độ ảnh hưởng đối với cá chép dao động từ 1-4,0%; đối với ốc bươu vàng từ 0-3,0%. Trong số các loại hoạt chất nghiên cứu, Pretilachlor, Butachlor, Bensulfuron và Quinclorac có mức độ ảnh hưởng thấp nhất (1,0-2,02%) đối với tất cả cá và ốc bươu vàng, sau đó đến Oxadiazon, Metsulfuron, Fnopro – P – Etyl. Hoạt chất có mức độ ảnh hưởng cao nhất là Ethoxysulfuron. Hoạt chất Pretilaco tuy ít ảnh hưởng đến cá nhưng có ảnh hưởng khá cao đến ốc bươu vàng. Cũng tương tự đối với các loài động vật thủy sinh, các hoạt chất trừ cỏ đều ít ảnh hưởng tiêu cực đối với các nhóm vi sinh vật đất, thậm chí sau sử dụng một số hoạt chất còn làm gia tăng mật độ tế bào vi sinh vật đất. Trong 8 hoạt chất nghiên cứu, chỉ có hai hoạt chất có tác động tiêu cực đến hệ vi sinh vật đất là Quinclorac và Oxadiazon. Hai hoạt chất này không làm giảm mật độ tế bào vi sinh vật phân giải phốt phát nhưng làm giảm mật độ phân giải xelluloza do đó cũng làm giảm mật độ tế bào vi sinh vật tổng số. Trừ Bensulfuron, các hoạt chất còn lại hầu như không ảnh hưởng hoặc có tác động tích cực tới vi sinh vật phân giải xenluloza, do đó đều làm tăng mật độ tế bào vi sinh vật này. Hai hoạt chất là Ethoxysulfuron và Metsulfuron tuy có tác động tiêu cực và làm giảm mật độ tế bào vi sinh vật phân giải phốt phát nhưng lại làm tăng mật độ tế bào vi sinh vật phân giải xenluloza, do đó hầu như không có thuốc nào trong số 6 thuốc còn lại làm giảm mật độ tế bào vi sinh vật tổng số. Các tác động tiêu cực của thuốc trừ cỏ tới hệ vi sinh vật đất thường không kéo dài, mật độ tế bào của các nhóm vi sinh vật bị ảnh hưởng đều được khôi phục và duy trì ổn định ngay sau phun thuốc 7-14 ngày.