Chức năng của Thanh tra chuyên ngành về KH&CN trong phạm vi quản lý nhà nước được phân công đối với các cơ quan nhà nước, các tổ chức và cá nhân; chức năng thanh tra nhà nước đối với tổ chức, cá nhân thuộc quyền quản lý trực tiếp của thủ trưởng cùng cấp và chịu sự chỉ đạo của tổ chức thanh tra nhà nước cấp trên về công tác tổ chức và nghiệp vụ thanh tra. Thanh tra Bộ KH&CN chịu sự chỉ đạo và quản lý trực tiếp của Bộ trưởng Bộ KH&CN và sự chỉ đạo của Tổng Thanh tra Nhà nước về công tác tổ chức và nghiệp vụ Thanh tra. Thanh tra Bộ KH&CN có con dấu riêng và tài khoản tạm giữ chờ xử lý. Thanh tra có nhiệm xây dựng chương trình, kế hoạch công tác hàng năm, báo cáo tổng hợp về công tác thanh tra của Bộ trình Bộ trưởng Bộ KH&CN và Tổng Thanh tra nhà nước.