Các hoạt động nói trên của Chương trình là xây dựng khung chương trình, xác định, tuyển chọn, xét chọn, triển khai thực hiện, kiểm tra, giám sát, đánh giá, nghiệm thu nhiệm vụ KH&CN thuộc Chương trình và đánh giá tổng kết Chương trình.

Chương trình KH&CN trọng điểm cấp Nhà nước gồm có: Chương trình khoa học công nghệ (ký hiệu chung là KC), Chương trình khoa học xã hội và nhân văn (ký hiệu chung là KX). Nhiệm vụ KH&CN thuộc Chương trình bao gồm các đề tài: nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ, nghiên cứu KH&CN tiềm năng, nghiên cứu khoa học xã hội và nhân văn; dự án sản xuất thử nghiệm và nhiệm vụ khác.

Thông tư đã nêu rõ những nội dung cụ thể về tổ chức quản lý Chương trình, thực hiện Chương trình, tài chính của Chương trình và việc tổ chức thực hiện.

Cụ thể, việc quản lý Chương trình phải thực hiện theo Luật KH&CN; bảo đảm vai trò quản lý nhà nước của Bộ KH&CN và của các Bộ, ngành có liên quan; bảo đảm trách nhiệm, quyền hạn của Ban chủ nhiệm Chương trình, Tổ chức chủ trì đề tài, dự án và Chủ nhiệm đề tài, dự án. Việc sử dụng kinh phí của Chương trình phải đúng mục đích, có hiệu quả, không lãng phí và theo các quy định hiện hành.

Thông tin về Chương trình, đề tài, dự án được đăng tải tại cổng thông tin điện tử của Bộ KH&CN, trang thông tin điện tử của Văn phòng các Chương trình trọng điểm cấp nhà nước và trên Báo Khoa học và Phát triển, trừ thông tin đặc biệt liên quan đến bí mật nhà nước.

Bộ KH&CN chủ trì, phối hợp với các Bộ, ngành tổ chức xây dựng, phê duyệt danh mục các Chương trình trên cơ sở mục tiêu, nhiệm vụ phát triển kinh tế - xã hội và Chiến lược phát triển KH&CN quốc gia; hướng dẫn triển khai thực hiện các Chương trình; tổ chức xây dựng, phê duyệt mục tiêu, nội dung và dự kiến sản phẩm của Chương trình; phê duyệt danh mục đề tài, dự án để tổ chức tuyển chọn, xét chọn tổ chức, cá nhân chủ trì thực hiện;…

Bộ cũng sẽ tổng hợp và cân đối kinh phí thực hiện các Chương trình để bố trí vào kế hoạch ngân sách KH&CN hàng năm. Phối hợp với Bộ Tài chính, Bộ Kế hoạch và Đầu tư trong việc bảo đảm tài chính cho hoạt động của các Chương trình; đánh giá kết quả, tổng kết hoạt động các Chương trình và báo cao Thủ tướng Chính phủ về tình hình và kết quả thực hiện các Chương trình.