Hợp tác quốc tế là một trong những thế mạnh của Trường, giữ vai trò quan trọng trong quá trình chuyển giao công nghệ và nâng cấp cơ sở vật chất cũng như nâng cao trình độ KH&CN của đội ngũ cán bộ.

Trường đã và đang tiếp tục thực hiện và mở rộng dự án hợp tác với nhiều nước, Trường đại học, Viện nghiên cứu trên thế giới. Đặc biệt tạo mối quan hệ các Viện, Trường triển khai chương trình Mêkông 1000 để đào tạo nguồn nhân lực cho ĐBSCL. Trong tầm nhìn chiến lược, bên cạnh công tác hợp tác quốc tế, Trường tập trung đẩy mạnh các quan hệ hợp tác trong khu vực ĐBSCL, các Bộ, Ngành, các đơn vị có liên quan trong cả nước về nghiên cứu và đào tạo.

Trường ĐH Cần Thơ đang điều chỉnh xây dựng các định hướng chiến lược KH&CN đến 2010, 2015 hình thành các ý tưởng nghiên cứu các lĩnh vực Nông nghiệp, nuôi trồng thuỷ sản, Kinh tế vườn, Công nghệ sinh học phục vụ các lĩnh vực khác, Công nghệ vật liệu mới, Công nghệ thông tin, Công nghệ tự động hoá, Công nghệ chế tạo máy. Đồng thời, Trường cũng quan tâm nghiên cứu về khoa học giáo dục, khoa học xã hội nhân văn góp phần vào sự nghiệp công nghiệp hoá hiện đại hoá, nâng cao dân trí, cải thiện đời sống vật chất và tinh thần cho nhân dân khu vực Đồng bằng sông Cửu Long.

Trong hoạt động nghiên cứu khoa học chuyển giao công nghệ, Trường đã chủ trì nhiều đề tài cấp Nhà nước, cấp Bộ, cấp Trường, mở rộng hợp đồng nghiên cứu khoa học và chuyển giao tiến bộ khoa học và kỹ thuật với các Tỉnh trong khu vực nhằm thúc đẩy sản xuất đạt sản lượng cao và chất lượng xuất khẩu nâng lên, giá thành hạ để người dân có lời từng bước nâng cao mức sống còn quá thấp của người dân vùng ĐBSCL trong thời gian qua.

Về hoạt động KH&CN, Trường đã có những công trình nghiên cứu đạt kết quả và chuyển giao cho nông dân vùng ĐBSCL như: Chọn tạo giống lúa có năng suất cao chất lượng tốt, chuyển giao các kỹ thuật canh tác có hiệu quả góp phần làm tăng đáng kể sản lượng lúa xuất khẩu trong vùng. Tăng cường nghiên cứu các giống rau màu, cây có củ quả ngắn ngày phù hợp với khu vực góp phần xoá đói giảm nghèo.

Trường đã đóng góp rất lớn và có ý nghĩa trong việc nâng cao chất lượng cây ăn trái, xử lý dịch bệnh trên cây trồng và chế biến bảo quản sau thu hoạch. Tiếp tục nghiên cứu các giống trâu, bò nội  địa, bò lai, gà vịt, dê... Tăng cường chất lượng con giống, chất lượng thịt và phổ biến kỹ thuật chăn nuôi cho bà con nông dân.

ĐH Cần Thơ góp phần tăng cường công tác nghiên cứu các giống tôm, cá nước ngọt, các loài cá kinh tế đặc sản khu vực ĐBSCL

Về nuôi trồng thuỷ sản, Trường đã góp phần rất lớn và tăng cường công tác nghiên cứu các giống tôm, cá nước ngọt, các loài cá kinh tế đặc sản trong khu vực. Nghiên cứu thức ăn cho tôm cá, phòng trị bệnh, nghiên cứu các giống tôm cá có khả năng kháng bệnh phù hợp với từng vùng sinh thái khác nhau, chất lượng tốt, sản lượng cao, có thị trường tiêu thụ ổn định. Các mô hình canh tác xen canh cây trồng, kết hợp trồng trọt và thủy sản đã đem lại hiệu quả kinh tế cao, tăng thu nhập trên cùng đơn vị diện tích cho vùng ĐBSCL.

Ngoài ra, Trường còn quan tâm nghiên cứu về tài nguyên môi trường trong khu vực. Triển khai những đề tài cấp vùng, cấp quốc gia và quốc tế về khai thác hợp lý tài nguyên thiên nhiên, bảo vệ môi trường sinh thái, phát triển nền nông nghiệp, thuỷ sản và công nghiệp bền vững. Hiện nay, công tác nghiên cứu biến đổi khí hậu trong vùng được trường đặc biệt quan tâm.